在教育部与江苏省重点共同建设南京大学的协议签署后，学校经过反复讨论修改，根据“立足长远，突出重点，资源共享，集中管理”的方针，制定了《南京大学创建世界高水平大学规划》，明确了“创建”的总体思路、阶段目标和具体措施。

（一） 总体思路

南京大学的奋斗目标是：到2012年建成世界高水平大学，到2020年或更长一段时间，争取跻身世界一流大学行列。

学校“创建世界高水平大学”的总体思路是：以学科建设为龙头、队伍建设为核心，通过20多年的努力，在人才培养、科学研究、技术创新、社会服务、国际交流诸方面形成显著特色，大部分学科要在国内居于领先，若干学科要在国际上具有重要影响和较强的竞争力；成为国家和地方培养、造就高素质创造性人才的摇篮，成为探索、解决国家与人类发展中面临重大理论和实际问题的科学基地与思想库，成为推动科技创新并向现实生产力转化的重要力量，成为国际学术交流与中外文化交流的桥梁和窗口。力争到2020年前后，以其科学作风严谨、学术环境卓越及多学科综合优势，跻身世界高等教育和科学技术前沿，进入以综合性、研究型、国际化为重要标志的世界一流大学的行列。

（二） 主要标志：综合性、研究型、国际化

“综合性”是指拥有结构比较优化、门类相对齐全的学科体系，能够覆盖文、理、医、工等主要基础学科及应用学科领域，其中大部分学科要在国内居于领先地位，若干学科要在国际上具有重要的影响和较强的竞争力。

“研究型”是指要成为探索、解决国家与人类发展所面临的重大理论和实际问题的科学基地与思想库。研究型大学最重要的使命是要出高水平的科研成果和培养高素质的创新人才。

“国际化”是指要面向世界办学，有高度的开放性和足够的国际竞争力，要扩大对外交流，拓展在国际上的发展空间，增强在国际学术界的影响力和知名度，真正立足于国际前沿。

（三） 两个重要发展阶段

南京大学“创建世界高水平大学”的工作，大体分为两个重要的发展阶段：

第一阶段，从1999年至2012年。这一阶段分为两个台阶。第一台阶是从1999到2005年，为“前期准备阶段”，期望抓住2002年百年校庆的契机，进一步扩大南大的学术影响，提高综合实力，基本上完成学科结构整合，初步奠定南大发展的大体格局和基本轮廓。第二台阶为从2006年至2012年，目标是大幅度提高学校整体办学水平与办学效益，以期在2012年学校建校110周年之际建成世界高水平大学。

第二阶段，是从2012年至2020年，再经过十年左右的努力，在国家和江苏省的进一步重点支持、共同建设下，力争在建校120周年之际迈入世界一流大学行列。

规划还就1999～2001年的主要建设任务及举措作了具体安排。（《南京大学创建世界高水平大学规划》（1999～2001）。）

（四） “创建”项目评估与科学论证

1. 成立规划领导小组。1999年9月3日，“南京大学创建世界高水平大学规划领导小组”成立，组长为蒋树声，副组长为韩星臣，组员有谢立、洪银兴、吴培亨；领导小组下设由１３人组成的“工作小组”，工作小组组长为闵铁军。各院系、各学科项目也相应成立了“创建”领导小组。

2. 设立项目专家委员会。1999年12月12日，学校设立了三个“南京大学创建世界高水平大学”项目专家委员会。其中“学科专家委员会”由13人组成，召集人为吴培亨；教学专家委员会由13人组成，召集人为许敖敖；公共服务体系专家委员会由11人组成，召集人为张异宾。项目专家委员会的任务是组织专家对重点建设项目进行可行性评估与科学论证，以体现“985工程”项目建设的公平、公开和公正，减少决策失误，提高工作效率。

（五） 经费预算及重点建设项目

1999～2001年的“985工程”建设经费12亿元，共分为六大项目，经费安排如下：

（1）学科建设 3.20亿元
（2）队伍建设 1.97亿元
（3）基础设施建设 3.45亿元
（4）改善教学条件 0.65亿元
（5）提高学生素质 0.60亿元
（6）体制改革 0.70亿元
（7）江苏省共建经费0.45亿元
（8）预留机动费 0.98亿元

学校认为，“创建世界高水平大学”必须以学科建设为龙头，因而在经费配置中加大了对学科建设项目的投入力度。学校共投入3.20亿元。经过专家论证，有79个项目被批准立项，其中文科37个，理科39个，全校性综合项目3个，基本上做到文理兼顾；其中1000万元以上的项目有11个，经费数达15555万元，400万元－1000万元项目14个，经费达8580万元，占学科项目总经费的80%，基本上做到了“突出重点”；向31个应用项目投入了12515万元，占41%的份额，体现了基础、应用“两手抓，两不误”的原则。

1000万元以上的项目

微结构物理学及其应用 2960万元
功能配位化学 1000万元
介观化学 1500万元
生物技术制药 1350万元
分子医学研究 2000万元
地球演化过程与资源（古）环境及生命响应 1645万元
自然地理 1100万元
环境科学与工程 1100万元
计算机软件新技术 1100万元
大型仪器共享项目 1100万元

对教学改革的投入也有较大的增加，分别在“教学现代化工程”、“素质教育”、“课程建设”、“文科教学实验室与实践环节建设”、“理科基础教学实验室与实践环节”等方面重点立项400余项，共投入6000万元。

投入公共服务体系建设的经费达6500万元，其中用于校园网络建设2200万元，图书文献建设4000万元，博物馆建设300万元。

学校基本建设的经费安排3.45亿元。其中科技大楼二期工程1.2亿，浦口校区征地费0.9亿，浦口校区实验大楼0.9亿，基础设施减免0.25亿，其他0.2亿。

（六） 获五大银行“授信贷款”

2000年12月１日，江苏省工商银行、农业银行、华夏银行、中信银行、中信实业银行、招商银行等五家银行的行长与蒋树声校长在南大签署了总额为５０亿元的《授信贷款协议书》。根据协议规定，南大在培育高新技术产业、加快学科建设和基础设施建设、改善办学条件方面需要资金时，数额在５０亿元授信额度内，不需担保，只要向银行提供贷款申请书，并明确资金用途、数量，落实归还计划，银行将在最快时间内办好有关业务。这一“银校合作”的新举措，对于正在创建世界高水平大学的南大而言，无疑是“如虎添翼”。

南京大学建校近百年来，第一次获得中央和地方政府如此力度的重点投资，获得银行金融界如此高度的信任与明确的支持。正如蒋树声校长所言：“这意味着多年以来困扰我们的办学经费严重不足、办学条件较为落后等状况有望得到缓解，南大今后的改革与发展拥有了较为坚实的物质基础和良好的外部条件。”