结合当时开展的各种民主改革运动，为除旧布新，知识分子的思想改造运动也在学校中开展起来。自1949年5月起，中央大学师生员工就由教授会、助教会、职员会、工友会和学生会分头组织进行政治学习。1950年3月，全校师生集中一个月时间，系统地进行思想政治教育。学校成立了政治教学委员会，孙叔平、高一涵、韩儒林、熊伟、刘庆云、吴襄、王德崇、潘菽等8人为常务委员，孙叔平、潘菽为主任委员，韩儒林、刘庆云为副主任委员。各院系也成立了政治教学小组。全校按“团结互助，教学相长，照顾业务文化水平及政治水平”的原则，师生混合编组，每组不超过10人。学习的目的是促进师生改造思想和了解马克思主义。当时任南京军管会高教处副处长兼南京大学军代表的孙叔平曾在学习动员时指出：“整个中国社会要改造的出发点，就是自己的思想改造。”“在旧社会中成长的知识分子，总有不正确的思想，这是正常现象，不足为怪；反之倒是反常。大家要承认自己的思想上会有一些毛病，要大胆暴露思想，不要讳疾忌医。”学习的主题是历史唯物论，主要内容是劳动、阶级、土地改革和社会发展规律。在学习过程中，学校曾邀请孙叔平和教育家马寅初、地质学家许杰等来校作辅导报告。学习的方法是：听大课，读文件，小组漫谈、讨论，小组或合组进行辩论，最后是思想总结，运用所学理论，严格地进行批评与自我批评。

参加当时的政治学习，许多师生都是怀着真诚和饱满的政治热情的。当时师生中有些人对马克思主义并不了解，甚至抱有某些偏见；对共产党济世治国的主张也若明若暗，所知有限，但他们对于新民主义革命的胜利却是真诚地欢迎和拥护的，因此在刚刚接触马克思主义之时，有的人便有“闻道恨晚”之感，迫切希望对原有的思想观念、价值体系作一番清理，希望“能得到一个系统又明确的观点，把思想搞通，树立新的人生观。”在听取学习动员报告后，有的师生提出要来一次“追求真理的尝试”。 在学习过程中，师生们在学习和讨论方法上也创造了许多新的形式，如“留学制”——小组派出一人或多数人到其他小组“留学”，汲取他组的方法、经验；“点将、挑战”——有争议而不得解的问题，请别人或别组解答，起激励、督促作用；“问题宴会”——邀请其他小组师生互提问题，竞作解答等。

一个月的学习，使师生对马克思主义有了一定了解。如有的师生提到，通过学习，明确了会的阶级分野，认识了“超阶级”、“超政治”之不可能，学会了用阶级观点分析农村现象，懂得应站在无产阶级和人民大众的立场上看问题，澄清了对土改问题的一些模糊认识。有的师生则提到，原来曾认为体力劳动是“低级的活动”，鄙视劳动人民，认为他们“肮脏”、“无知”，以脱离体力劳动为荣幸；通过“劳动”一课的学习、讨论和争辩，一是接受了“从猿到人”的发展演变观，否定了“上帝造人”的谬论，二是认识到“劳动是人类财富的源泉”，打破了“治人者”、“精神劳动者”的优越感，三是认识到物质文化生产是“根”和“杆”，精神文化是“花”和“果”，没有生产劳动就没有科学，科学若不与生产劳动及劳动人民结合，就不能起改造世界的作用；从而在这样的认识基础上转变了轻视劳动和劳动人民的观念，奠定了“为劳动人民服务”和“向劳动人民学习”的思想。还有的师生提到，通过社会发展史的学习，懂得了社会发展规律，认识到人类真正的历史是生产力和生产方式的变化发展的历史，而不是什么“帝王将相生活起居的历史”，只有从生产方式发展变化的角度，才能正确认识人类不同社会制度如何交替演变，认识到“中国今日革命是顺应社会发展规律的”，从而把对社会主义的信仰建立在科学的基础上。学习中，一些针对性很强，融科学性、艺术性和思想性为一体的专题演讲，收到很好效果。有的老教授诚恳地说：“我接受马克思主义，即自孙叔平的辅导报告始。”还有的师生联系解放后人民政府稳定金融物价、妥善安置难民、及时救灾抢险的政绩，提出应由过去的“听其言而观其行”转变为“听其言而信其行”，积极拥护人民政府的政策措施。一位当初对学习颇有顾虑和抵触情绪的教授在总结会上诚恳地说：“……我凌乱的思想得到一番整理，又看到了许多资料，更有系统的报告触动了我的思想，我必须兼程并进，追上时代！”

 “兼程并进，跟上时代步伐！”这正是当时南大师生精神风貌的真实写照。在集中学习之后，全校的政治学习转入经常性的时政、形势教育。从1950年底开始，结合抗美援朝、土地改革和镇压反革命的斗争，又普遍开展了爱国主义和无产阶级国际主义教育。当时全校师生精神振奋，数以百计的学生申请加入新民主主义青年团。在参军、参干和治螟、血防、筑堤等工作中，南大师生总是走在前列。潘菽、胡小石、熊子容、戚法仁、吕斯百、时钧等二十多位教授也和青年学生在一起，奋战在修筑抗洪堤坝的工地上。

但思想改造运动的进一步发展便开始出现了“左”的倾向。1952年3月，按照华东教育部的部署，全校师生员工3700余人参加了思想改造运动。这次学习运动旨在帮助知识分子在政治上划清敌我界限，在思想上肃清资本主义和封建买办思想的影响，在思想方法上克服唯心主义和形而上学，扭转脱离实际、学用脱节的倾向，树立为人民服务的新的世界观。学习运动分为三个阶段，第一阶段学习文件，划清资本主义与共产主义的界限；第二阶段采用批评与自我批评的方法，进行个人检查对照；第三阶段为思想总结。虽然这次思想改造学习总体上还是健康、稳妥、有成效的，但与1950年至1951年的政治学习相比，却显然存在某些简单、粗暴、过头、过火的地方，比如搞人人“洗澡”，个个过关；搞“思想改造展览”；在某些系科中对一些教授的个人研究选题，如生物系某教授对蚯蚓的研究，园艺系教授对《红楼梦》中大观园园林艺术的研究等，未加科学的实事求是的分析，就扣以“资产阶级”的帽子，并大张旗鼓地组织批判。这些做法，挫伤了部分知识分子的积极性，也开启了那种把阶级斗争扩大化的“左”的倾向。