1911年12月南京光复以后，李瑞清“挂冠而去”，教务长雷恒返回江西老家，日本教习、中国教职员及五百余未毕业的学生也都星散。陈其美的沪军洪承典部驻扎两江师范学堂，他们不仅通过自任两江师范学堂管理员的吴逸（仙）借用学校的课桌家具等一千七百余件，而且因燃草取暖而失火，致两江的“斋舍洋楼半为灰烬”，“贵重仪器，至此荡然无存”。（1913年2月13日《时报》。）

1913年7月“二次革命”发生，两江师范学堂再度被军队占驻，并遭到乱兵、土匪的洗劫，损失惨重，看守学堂的工人一死三伤。当时任江苏民政长的韩国钧接到两江师范学堂的管理员李承颐的报告后，下令江苏省教育司“会同警察总厅封锁两江师范学堂，等候改制开学”。（《江苏省民政长韩国钧关于封锁学校的训令》，《南京大学校史资料选辑》第23页。）

从1912年起，两江师范的师生曾多次发起复校运动。如1912年6月间曾有改两江师范为“南洋大学”之议，遭否定后又有人提出改设“南洋优级师范”、推举张謇为校长的建议，但均未成功。直至1914年8月30日，江苏巡按使韩国钧才接受地方及学界名流的建议，咨请教育部“改两江优级师范为南京高等师范学校”。