立案前的金陵大学，从行政到教学很少与中国政府发生关系，而立案后，其主管机关是国家教育部，因此学校的行政组织、教学课程等均需按照政府所颁布的教育法令办理。教会虽处于创设者的地位，却是不能随意干预的。自1929年以后的几年内，金大在行政组织和教育制度方面有较大变动。

1929年7月，大学院公布《大学组织法》，施行学院制，规定每大学至少须有三学院方能成立。于是金大即将文理科分建为文、理两学院，将农林科改建为农学院。每院设院长一人，商承校长综理全院事务，由校长在教授中聘任。院以下设系，系主任由院长商请校长聘任之，由校长任命。行政管理机构改设：注册处（后改教务处）、事务处、工程处、校产管理处和会计室，各设主任一人，由校长任命。改组工作于1930年完竣。

根据《大学组织法》，金大成立校务委员会，由校长、各院院长、各行政管理部门的负责人以及学校教员会选出的代表（4名）组成。其职权为：（1）编造学校预决算及决定其他财政事务；（2）审核学系及课程之设置和废止；（3）审议有关学校建设和添置设备之提议；（4）决定制定或废除学校内部之规章制度；（5）处理学校内部其他重要事务。各学院相应设立院务委员会，由院长、系主任及教授代表组成，计划审议本院教学事宜。各学院及各部门均应召集教员会议和职员会议报告和讨论本院、本部门工作。此外，为方便处理学校的日常事务，还设有各项专门委员会，如纪律委员会、卫生委员会、社交委员会、娱乐委员会、宗教事务委员会、图书管理委员会、出版委员会、早晨集会和大课委员会、学术委员会等。对于临时出现的问题，则组织特别委员会来处理。校董会是学校最高权力机关，因而学校作出的任何重要决定，包括校务委员会所作出的决议，均需经校董会批准后实施。

金大行政组织系统表4－2。

    表４－２ 金陵大学行政组织表(1934年编制)

    （《金陵大学组织及编制》，见《1934年第一次中国教育年鉴》丙编。）

1929年1月，大学院公布了《高等学校教师条例》。金大于同年3月召开校董会第2次会议，按照条例规定，并参照金大的经济条件及传统，制订了《金陵大学教职员职称分类及薪水等级条例》（于同年9月1日生效），将教师按资格、经验、勤务和成绩划分为四个等级：教授、副教授、讲师、助教。职员中的非教学人员也按教师的等级分类，但增加第五级助理一级，即学历低于助教水平者为助理，助理分两种：技术助理和文书助理。对教职员一律实行聘任制，聘期两年。新教职员聘任前，由校长指定的聘任委员会进行审查，聘任后，须得董事会认可。教职员职称之晋升，每一年在董事会开会前由校长指定的晋级审查委员会提出的材料（包括研究成绩、教授学程及内容、担任职务及课外活动、工作缺席及告假情况、著作及社会工作成绩等），由校长交董事会议决。为鼓励教师从事科学研究工作，条例规定对那些在自己从事研究领域作出成绩并显示出有前途者，给以休假年，进行学术研究或旅行访问，或给予特殊奖励。但这需在学校财政状况许可时方有效。助教允许每学期免费选读不超过5学分之课程。教职员的工资每档分五等，教授最高数为290－300元，等差为20元；副教授最高数为200元，讲师为150元，助教为100元，它们的等差均为10元。技术助理为25－60元，文书助理为20－40元。当时陈裕光校长的薪水定为300元，文理科长刘国钧为220元，农林科长过探先为260元。鉴于当时教职员在校外兼课兼职的风气盛行，学校实行专任教员制度。1930年6月修订的《教职员服务规程》规定，专任教授讲授每周最多为16小时，最少为12小时，实验时间按讲授时间增加1／2，即最多为24小时，最少为18小时。教员在校内兼任职员者，可酌量减少教授时间。专任教职员非经学校批准，一律不得在校内外兼任有碍其本职工作之事。

金大立案后的经费来源，仍依赖美国教会。创设人会负担65％，校董会负担35％（包括学费收入及各种捐款）。学校的基金由创设人会保管，每年息金由创设人会按期汇拨，由学校会计室发放，用于指定的方面。学校的预决算均需由创设人会的法定会计稽核。

表4－3 1932年学校收支情况

金大的财务主管人由教会指派。长期在金大坐这把交椅的是美国人毕律斯特小姐，她是一位精明能干有献身精神的女教士。她在金大一直工作到1950年底。

由于教会掌握学校的经济命脉，因此，也就操纵了学校的大部分实权（主要是经济与人事权）。校董会与创设人会订有协议书，议定校董会章程是创设人会与校董会协议书的一部分，须经创设人会批准后才能生效；金陵大学的财产，是由创设人会租借给校董会的，名义租金为一美元的中国货币。但这一租借是有条件的，即校董会必须按创设人会的意图办理，学校如有违反，或者校董会不再是学校的管理者时，创设人会便有权取消这一租借。因此校董会不过是创设人会的经纪人，必须完全听命于创设人会。对于学校来说，创设人会具有至高无上的权威。

校董会是如此，作为一校之长的陈裕光，当然就更无多大实权。陈裕光曾说：“我名义上是中国人当校长，而实权尤其是经济权依然操纵在美国教会手中，我这个中国校长几乎无权过问。”（陈裕光《回忆南京金陵大学》，载《上海文史资料选辑》第45辑，第154页。）而且他一当上校长，就给他配了个外籍助理，这个助理也是校董会的当然董事，在校董会上与校长并起并坐，这更使他感到难以独立行事。尤其涉及外籍教师的事，处理上感到棘手。那时，金大外语系有位美籍女老师，由于她上课夸夸其谈，离题千里，引起学生反感，告到校长室。陈裕光只得将她调离金大，结果引起美籍教师的不满。后来陈裕光校长为了不得罪于传教士，便聘请前校长包文当他的顾问。由此可见，教会学校即使有了中国人占多数的校董会，由中国人当校长，在中国政府注册立案，这仅在一定程度上维护了教育主权与民族尊严，并没有从根本上解决主权问题。从总体上说，教会学校是特殊历史条件下的产物，在旧中国半殖民地社会的性质尚未改变之前，要彻底解决教育主权问题是不可能的。