金陵大学为外国教会所办，学校在传播宗教和西方科学文化的同时，也传来了西方资产阶级民主自由的新思潮。在金大图书馆里公开陈列并允许借阅马列主义书籍，客观上为渴求进步的青年提供了学习条件；更为重要的是教会学校毕竟办在中国土地上，并不与世隔绝，仍然受到中华民族爱国传统的熏陶。因此面对日益深重的民族灾难，广大师生同样具有较强烈的爱国心和民族自尊心，并积极投入全国日益高涨的爱国民主运动的洪流。

早在20世纪初期，在全国兴起抗议帝俄霸占我东三省的“拒俄”运动中，汇文书院那些专事灵修的青年，也开始觉醒，冲破学校的种种清规戒律，加入全市爱国学生“拒俄”运动的行列。1903年秋，参加在北极阁的集会，听章士钊等人“抨击沙俄”的演说。1904年1月，全院百余学生，又在校内成美馆集会，学生们慷慨陈词，声讨沙俄的侵略行径，阐明中国所处的危险地位，倡议“练习兵操”，以为将来上前线作准备。会上并推举一学生卢某为领袖。次日便开始操练，到场者有五六十人。（章士钊：《赵伯先事略》，《碑传集补》卷五七《拒俄运动》第230，231页。）汇文书院此举产生一定影响，并揭开了金陵大学爱国反帝斗争的序幕。

辛亥革命以后，推翻了统治中国二百年的满清王朝。在资产阶级民主主义思想的影响下，金大校园气氛活跃。这时，青年陶行知正在这个学校学习。他原名陶文浚，因信奉王阳明知行合一之说而改名陶知行（后又改名陶行知）。安徽歙县人。年幼时，因家境清贫，免费入该县基督教内地会设立的崇一学堂读书。后获得资助，进入浙江杭州的广济学堂继续学业。因对该校规定不信教者不能享受免费实习的待遇感到气愤而退学。1910年，入金陵大学文科。在校期间，品学兼优，智慧过人，眼光敏锐，忧国忧民，富有正义感和爱国心。当时，他组织新剧团、演说会，宣传民族民主思想。他对于演说会只用英语，学生出版的刊物《金陵光》只出英文版，很为不满，便和同学倡议演说会要“中英语并用，尤重国语”；《金陵光》要增刊中文版，陶知行亲自担任《金陵光》的编辑和中文主笔。

《金陵光》创刊于1909年，那时风气尚很闭塞，出版物殊不多见。改版后的《金陵光》，于1913年3月出版第1期。该期在《增刊中文版缘起》（《金陵光》1期，1913年3月。）一文中，针对当时文化思想领域鄙弃国文、“醉心欧化”的倾向，开宗明义地声明，增刊中文版的目的之一，是为了“保存国粹”。认为“自西学中渐，西派便醉心于欧化，蔑视国文也久矣！殊不知腐儒鄙弃西学，固属偏见，而新进蔑视国文尤为忘本”，“增刊中文版，以磨练作国文之材，而唤起爱国文之心”。对当时文化思想界的两种倾向：但知国故，否定西方文化；但知欧化，蔑视中国传统文化都进行了批评。同时，也强调了“本刊借西学之长以济己短的灌输学术”的方针。这在当时“但知西方文明”的教会学校中，是很难得的爱国思想。这一期，还发表了陶知行亲自撰写的《金陵光宣言》。宣言说道：“对于金陵光便怀有盛世、黎明、嬉游于光天化日之感。由感立志，有志生奋，由奋而扦国，而御侮戮力同心，使中华放大光明于世界，则《金陵光》之责尽，始无愧于光之名矣嬉。”（《金陵光》4期，1913年4月。）陶知行在改版后的一年时间里，发表文章20余篇，抨击社会时弊，抒发其爱国情怀。使《金陵光》在教会学校这一特殊的环境里，闪耀出爱国之光。

辛亥革命失败，历史又进入了袁世凯北洋军阀统治的黑暗统治时期。1919年1月，由于帝国主义的加紧侵略和北洋军阀政府的妥协投降，导致中国在巴黎和会上的失败。消息传来，全国人民怒不可遏。同年5月4日，在北京爆发了反帝反封建的爱国民主运动，全国纷纷响应。这次运动是在马克思主义思想影响下第一次彻底的反帝反封建的爱国民主运动，它揭开了新民主主义革命的序幕。“五四”运动的烈火点燃了金陵大学校园，广大爱国师生冲出校门，走向社会，参加了5月9日南京大中学校召开的国耻纪念会。当时在南高师任教务主任的陶行知等人在会上作了“国耻史”的报告。（胡畏等：《金大师生爱国民主传统》，见《金陵大学史料集》第291页。）会后，举行了示威游行，并到督军和省公署请愿，提出五项要求：1．力争青岛；2．宣布及废除中日密约；3．尊重我专使在巴黎和会上的地位与尊严；4．要求维持北京大学并释放被捕学生；5．督促南北和会，速行解决各种重大问题。游行结束后，筹备成立南京学界联合会，选举金大教员应尚德为会长。5月16日，北京大中学生举行总罢课，南京学生为支持北京学生的斗争，进一步打击北洋军阀，经金大邀请各校代表会议议决，于5月20日举行罢课。因学界联合会对这场斗争领导不力，重新组成南京学生联合会。6月2日，全市学生在南京公共体育场举行宣誓仪式，誓词为“拥护国权，发扬民意，协力同心，生死与之”。6月3日与4日，北京爱国学生运动遭到反动军阀的镇压，有千余人被捕。为声援北京学生，于6月7日，南京各校学生上街动员商人罢市。金大许多学生被殴打，陈昌盛等4人被捕（关押数天后释放）。6月8日，商界一律罢市，并举行了全市万人集会游行，把南京的爱国运动推向高潮。

1923年6月，在中国共产党统一战线政策的推动下，开始了轰轰烈烈的反对帝国主义和北洋军阀为目标的北伐战争。就在这一年，中共南京地委正式成立，从此南京的爱国学生运动有了核心力量。1925年3月12日，孙中山逝世，金大师生参加了共产党与国民党（左派）组织的各界人民悼念孙中山的活动。1925年5月，上海发生“五卅”惨案，金大学生立即发出通电，支援上海工人的反帝斗争，表示“誓联合南京各界为后盾，不达目的不止”。6月3日，金大学生自治会组成沪案后援委员会办理后援事宜。并于3、4两日全校罢课，参加南京市民的示威游行，沿途散发传单，唤起民众。并在中共南京地下组织的统一安排下，金大学生到英商和记洋行开展募捐及抵制英、日货活动。

在上海各界抗议“五卅”惨案期间，上海圣约翰大学爱国学生对该校校长卜舫济（传教士）污辱中国国旗、解散学生团体、抑制学生爱国运动提出抗议，并在义愤之余，签字发表声明永远离开学校。这一行动，曾得到包括金陵大学在内的许多教会大学爱国师生的支持，并发生广泛影响。（《金陵光》15卷1期，1926年1月。）

 经过“五卅”斗争，南京共产党组织有了较快发展。1925年9月，金大学生陈赓平和陈韶奏经河海工程专门学校学生林炯介绍，先后加入了中国共产主义青年团，后即转为共产党员。他们是金大最早的共产党员。后来随着革命的深入发展，国民党右派加紧了反对革命的阴谋活动，企图消灭左派力量。以共产党员为核心的左派团结进步学生在1926年3月举行的孙中山陵墓奠基典礼上以及在同年5月召开的“五卅”惨案周年纪念活动中对国民党右派的捣乱与破坏进行了揭露和斗争，使国民党右派组织的一部分同学转向左派。就在这一年暑假，金大学生秦元邦、熊士杰作为国民党（左派）南京市党部的代表专程赴广州要求国民党政府早日出师北伐。

1926年7月，中共南京地委认为教会学校便于隐蔽，决定以金大为国民革命运动的一个据点。当时任国民党（左派）市党部青年部长的金大学生陶恒盞组织一批左派学生做工人、学生的工作。并在斗争中发展了一批左派学生杨德翘、方干清、杨济民、丁廷洧等人加入中国共产党。同时，成立中共金大支部，第一任支部书记为胡华熙。（胡畏等：《金大师生爱国民主传统》，见《金陵大学史料集》第292页。）

 “四一二”政变后，国共正式分裂，全国出现了追杀共产党员和革命群众的白色恐怖，金大未能幸免。国民党军警二次闯进校园抓人，第一次抓走了陶恒盞等三位同学，第二次又逮捕了丁廷洧、张克祥、于铭之等5位同学，因无证据，经校方营救后获释。从此革命进入低潮。金大部分党员秦元邦、熊士杰、于铭之等人被迫离校转移到其他地区从事革命活动。