从1938年迁校入川到1949年南京解放的十年时间里，金大师生继续发扬爱国民主传统，积极投入抗日救亡运动，并为坚持团结，反对分裂，坚持进步，反对倒退，坚持民主，反对独裁进行了英勇斗争，为抗战胜利和中国人民解放事业作出了应有贡献。

金大师生饮恨告别南京，来到大后方成都，面对祖国大片国土沦丧，热血沸腾，都想为抗日贡献力量。这时，金大的进步力量开始重新聚集。1938年11月，在中共川康特委的领导下，金大和金女大联合成立党支部。次年9月，金大单独成立支部，由缪鑫源任书记。在党组织推动下，金大学生和华大、金女院、齐鲁和中大医学院学生联合成立五大学联合防护队（定名国际救济委员会华西坝五大学联合防护大队），下设防空、宣传、救护、慰劳等组。该队成立后，举行了义演、义卖，为前方将士募捐寒衣、救护空袭后的被难同胞等活动；假期，组织乡村服务团，深入城郊附近8个县，开展教唱歌、写标语等抗日宣传活动。在抗战进入相持阶段后，国民党采取消极抗日、积极反共方针，白色恐怖笼罩大后方。在成都，制造了“抢米事件”，嫁祸于共产党，成都党组织因此遭到破坏。上级决定暂时撤销市委。金大已暴露的党员缪鑫源等人也奉命转移。于是公开的革命活动被迫停止，群众的抗日救亡运动也暂时转入低潮。

1942年秋，金大留下的共产党员赵一鹤与华大的刘盛兴、燕大的刘克林等共产党员，发起组织校际秘密组织“蓉社”，并吸收进步学生参加，以学习马列主义理论和党的方针政策为主要内容。1943年，蓉社改名为“马克思主义小组”，成员增至14人，党员占三分之二。同年底，又改名“青年民主宪政促进会”。并与中共南方局取得联系，重新恢复了组织活动。

抗战开始后，国民党加强了对大学的控制。1939年11月，三民主主义青年团金陵大学分团筹备成立。1942年12月，国民党直属金大区党支部成立。同年，金大又设置了一个专门对学生进行政治思想管理的训导处。这“三位一体”的机构，对全校师生实行严密控制，在校内形成一股破坏抗日、反对民主的逆流。

1944年随着世界反法西斯战争取得重大胜利，中国的解放区战场也开始对日寇局部反击，而国民党由于消极抗战的结果，却在湘桂前线节节败退。由此引起人民不满，并认识到中国没有民主政治，便不可能有抗战胜利。于是国内要求实行民主，坚持团结，坚持抗战的呼声便日趋高涨。金大师生关心时事政治的热情也随之增长起来。一些政治性社团：“狂狷社”、“时声社”、“活力社”、“敢社”、“草原社”、“菲芄社”（时称六社）在金大校园内相继成立。组织和领导这些社团的大都为共产党员。“六社”分别组织同学阅读进步书刊，讨论时事政治，研究学术，搞文艺创作，出版刊物，邀请著名人士作讲演，吸引了周围同学，使“六社”不仅在金大享有声望，而且在华西坝成为其他大学开展爱国民主活动的核心。同年，在中共成都地下组织的帮助下，原青年民主宪政促进会与各校进步社团联合成立成都大中学校校际秘密核心组织——成都民主青年协会（简称民协），由金大学生王煜任该会主席。“民协”是党的秘密外围组织，是党在成都学生工作中的得力助手。

1944年出现的学生运动，迅速发展为强大的民主运动，民主与反民主的斗争也随之激烈起来。同年10月，由五大学的社团出面，在华西坝体育馆召开“国是座谈会”，到会的有各界爱国民主人士和五大学师生约2000余人，张澜、潘光旦、罗隆基、章伯钧、吴耀宗、吴贻芳等著名人士以及金大教授陈中凡、沈志远、还有国际友人文幼章等出席了这次座谈会。这次座谈会大大鼓舞了青年的爱国热情，打破了大后方的沉闷局面。金大的“狂狷社”和《狂狷周刊》编辑组担任了会议的组织和宣传工作。《狂狷周刊》因报导了座谈会实况，被地方政府以“违反抗战言论”和“出版法”的罪名，被强行勒令停刊。1944年11月，在“民协”的组织下，金大等大中学校近万名学生举行了抗议当地政府打伤成都市立中学30名学生罪行的示威游行，迫使国民政府撤换了制造这一事端的祸首——成都市警察局局长。1945年，毛泽东同志在中共第七次全国代表大会所作的《论联合政府》的报告发表，金大六社按“民协”的布置进行学习。同年5月4日，纪念“五四”运动26周年，“民协”组织了大型“五四”营火晚会和火炬游行，呼吁“实行民主政治，成立联合政府”。这次行动以后，中共南方局决定成立成都青年工作小组，统一全市青年工作。金大学生王煜任该组组长。

抗战胜利后，国民党在美国的扶植下，一手抢夺胜利果实，一手玩弄和平阴谋，准备发动内战。广大人民识破了这一阴谋，于是一个以阻止内战为目标的人民民主运动在成都兴起。金大六社举行了反内战座谈会，并以学生自治会名义发表反内战宣言，呼吁“立即停止内战”。1945年12月1日，国民党当局对要求组织联合政府、停止内战的昆明学生进行了武装镇压，制造了“一二·一”惨案。消息传到成都，金大学生首先发出致昆明学生的慰问信，并会同各校进步社团利用报刊，传单、壁报、标语等公开揭露国民党当局镇压革命青年的罪行。金大六社联合五大学革命社团在华西坝广场举行追悼烈士大会，会后举行了声援昆明学生的大游行。1946年2月，金大学生又参加了华西坝大中学生抗议政府制造的另一起事件——重庆校场口事件的示威游行，要求严惩凶手，追究主使者。这一系列斗争教育了广大青年，鼓舞了斗志。由于人民群众的觉醒，使国民党在政治上愈来愈孤立。

复员南京后，由于内战扩大，物价飞涨，商品奇缺，民不聊生，使广大师生因抗战胜利而产生的喜悦与希望转眼成了泡影，心情压抑。1946年12月24日，北平发生了美军强奸北大一女生事件。接着，北平爆发了“十二·三○”抗议美军暴行的斗争。这一斗争立即打破了金大校园的沉寂，被压抑的爱国激情又激荡起来。这时，在金大这所由美国人创办的校园里破天荒地贴满了“抗议美军暴行”、“美帝滚出中国去”的大幅标语。并由学生会出面，联合南京大专学校成立“抗暴联”，作为联合行动的指挥部。因当时中大系科代表大会为三青团所把持，未能通过游行决议。于是由金大挑起了组织一月二日游行示威的重任。金大学生走在队伍的最前面。游行队伍先后到国民政府和美国大使馆递交了请愿书和抗议书。这是国民政府还都后发生的首次大规模游行示威，在国外产生广泛影响。通过这场斗争，把反内战与反帝斗争有机地结合在一起。金大在这场斗争中，检阅了进步力量，加强了内部团结。

这时，金大中共地下组织有16位党员，他们分属中共上海局、中共南京市委和中共上海市委的领导，相互间虽没有组织关系，但并肩战斗，配合默契。

1946年6月以后，由于内战规模日益扩大，国民政府财政预算的80%充作内战经费，国统区经济陷入了严重危机，物价飞涨，人民生活日益恶化，教育事业也日趋凋零。不足5%的教育经费把广大师生推到了饥饿死亡线上。全国人民除了团结自救，奋起斗争，别无出路。于是，学生争取民主、争取生存的斗争浪潮再次汹涌澎湃起来。1947年的4、5月间，在中共上海局和南京市委的领导下，南京学生首先提出了“抢救教育危机”的口号，同时喊出了“拿饭来吃”、“向炮口要饭吃”的呼声，揭露饥饿的原因在于内战。把反饥饿与反内战联系在一起。5月13日，中大首先宣布罢课，要求教育部按物价指数增加公费。消息传到金大，立即得到响应。由学生会中的进步学生夏佛生、卢本植与中大等校联系，成立南京大专学校争取公费待遇联合会。16日，继中大之后，金大举行了700多人的反饥饿游行，到教育部、行政院请愿，要求增加教育经费。由于目的未达到，宣布全校继续罢课，并成立金大学生自治会公费请愿执行委员会，推举邓鸿举为主席，领导全校斗争。5月20日，是国民党参政会四届三次大会开幕的一天，京、沪、苏、杭16所专科以上学校五千多名学生在南京举行游行。游行队伍公开打出“反饥饿、反内战”的旗号，把运动进一步推向高潮。这天，北平、天津等地的学生也举行了罢课游行。从而在全国掀起了一场波澜壮阔的爱国民主运动。

国民党当局决意高压手段对付学生运动。5月16日，公布了《维持社会秩序临时办法》，命令各地政府“对于越级或10人以上的请愿和罢课、罢工、罢业及游行示威或其他扰乱社会治安事”，“采取紧急处置，作有效之制裁”。在5月20日南京等地学生举行游行示威的一天，当局出动大批军警。清晨，金大校园便被军警封锁，阻止学生出校。于是整装待发的学生与军警在大门口对峙。突然，扛校旗的杨正本同学被军警的匕首刺伤。学生被激怒了，不顾军警的鸣枪威胁，如潮水般地冲出大门，与中大等游行队伍会合。队伍行进至珠江路时，遭到在那里严阵以待的军警特务的毒打和水龙头的冲击，当场被打伤流血的学生达百人，被捕28人，酿成著名的“五二〇”血案。

通过这场斗争，金大的进步力量在学校中占绝对优势，并掌握了学生会的领导权。同时，统一的金大党支部就在这时诞生了，第一任党支部书记是李文癉，支委华擎甫、张一诚（胡畏等：《金大师生爱国民主传记》，见《金陵大学史料集》第298页。）。此后，金大的学生运动又有了坚强的核心力量。党支部通过组织各种生活性、学术性、友谊性以及带有宗教色彩和福利性质的各种社团、团契，开展读书、球赛、歌咏、舞蹈、野营、远足、办壁报、讨论时事等活动以及参加社会上的助学活动，做深入细致的群众工作，使越来越多的同学团结在党支部周围。

1948年，国民党在战场上节节败退，经济上又面临崩溃，黎明与黑暗的斗争处于决战前夜，学生的爱国运动此起彼伏，高潮迭起。5月4日，南京大中学生在金大礼堂举行“五四”纪念会。5月20日，又在中大操场举行“五二○”周年晚会，不料遭到特务的破坏和袭击。在晚会结束后学生返校途中，金大进步学生靳亮和孙桂钧被特务抓进青年部。党支部连夜派人赴青年部要人，经过交涉后获释。面对如火如荼的学生运动，5月23日《中央日报》声称要不惜对学生“操刀一割”。暑假一开始，国民政府特种刑事法庭就下令传讯学生运动骨干，限三日到庭，过期逮捕。金大学生夏佛生、梁明贤、周明仲、谢键忠等12名学生被列入传讯名单。仅梁明贤一人被捕。党支部一面组织营救，一面设法帮助已暴露身份的党员和进步学生转移解放区。当时，全市被捕学生有50人。在社会舆论一致谴责下，国民党当局不得不释放。然而，在同年11月，却再次派出军警，包围南京各大学宿舍抓人，金大助教肖焘夫妇、学生庄瑞舫、陈大祯、曾宪洛、靳亮等人被捕。1949年1月，全市第三次大逮捕，金大又有吴玉美、蒋家骅等学生被逮捕。他们在狱中经受了考验，没有屈服。这两批被捕师生均于1949年2月交保释放。在大逮捕中，因陈大祯（支委）被捕，为保证党员的安全，金大党员全部撤离，仅留下刚入党的2名侯补党员。不久，上级派市委学委干部陆庆良（金大农艺系学生）担任金大党支部书记，重建党支部。这期间，党支部通过各种形式宣传党的政策和革命形势，广泛团结和发动群众，掌握了学生会的领导权，又与教授会、助教会、职工会取得联系，争取他们对学生运动的支持。同时，在各种活动中，发现和培养积极分子，并及时吸收入党。至解放前夕，金大大党支部已有党员30人。1949年3月，还秘密成立了新民主主义青年团。

1948年下半年，中国人民解放战争已进入夺取决定性胜利的阶段。但国民党不甘心失败，于1949年初，玩弄假和平真备战的阴谋，妄图赢得喘息时间，重新部署军事力量，阻止解放大军渡江。为了揭露这一阴谋，1949年4月1日，即国民政府和谈代表团启程飞往北京的一天，南京大中学生又一次举行声势浩大的游行，高呼“争生存、返迫害”、“要求真和平，反对假和平”的口号。金大许多学生参加了这次游行。在临行前，虽已接上级通知，指出当局已有准备，要各校停止游行，但当时群情激愤，中止游行已不可能，只得按原计划进行。就在游行结束时，遭到手持凶器特务的袭击，有三个牺牲（中大2人，政大1人），伤者无数，制造了“四一”惨案。事后，金大党支部组织了慰问受伤同学的活动。

革命形势的发展势如破竹，南京解放在即，为了迎接这胜利时刻的到来，金大党支部通过学生会派代表列席校方组织的应变会，参加学校各项应变事宜。学生会并与工友会配合，组织护校工作，防止敌特破坏。由于全校进步师生的共同努力，学校未发生任何破坏事故，校务会议作出了不迁校台湾的决定。金大终于冲破黎明前的黑暗，迎来了解放的曙光。