金陵大学开办初期，所设文科和农林科均依美国纽约大学所订章程，定学制为四年，另设高等学（又称高等科），相当于大学预科。医科成立时，则仿效美国大学医学教育制度，订本科学制五年，预科二年，毕业后，授医学博士学位。1917年教育部颁布新学制，改设本科预科二部，规定本科“以教授高深学术，养成硕学宏材为宗旨”，定修业年限三年；预科“以培养学生深造之基础”，定修业年限二年。金大按照教育部规定，修订学制，并同时改组附设之中小学。1921年，教育部又颁布新学制，改大学本科四年，取消预科制度，改中学为六年。金大为使旧制中学的毕业生能顺利地通过大学的入学考试，暂设预科一年（即新学制中学的第六年级）作为过渡。

在课程方面，创办时期，实行规定科目制。1915年以后，即以主修、选修科目制取代了规定科目制。同时，对学生成绩的考核改用学分制的办法。所谓学分制，即要求每个学生每学期一般应修读规定的学分数。所谓学分，简言之，即学生学习时间的计算单位。当时每个学分值相当于校内50小时或校外75小时之工作。换言之，约值普通学生每周3小时学习工作量（高材生合二小时半，“低能生”合三小时半），包括上课、自修、实验、实习、完成课外作业等使用的时间，历一学期者为一学分。预科学分之值相当于本科学分的4/5。由于主修课程的学时高于选修课程的学时，因此主修课程的学分高于选修课程的学分。1917年时，金大规定学生须读满115-120学分才得毕业，而其中的65学分必须为主修课程的学分，50学分为选修课程学分。而且规定选修课程中的10个学分必须从一门科目中选读。这个规定，成为后来主辅修系制的先河。由于教学工作上语言的隔阂（用英语教学），一般授课时间便相对增加，于是到1925年时，即改定150-160学分为学生毕业的限度。而当时美国大学大都采用120学分制。

1924年起，金大实行主辅系制度。所谓主辅系，即凡在一系内读毕本科一年以上课程有30-40学分者，该系即为其主系，读毕此项学分有15-20学分者，该系即为其辅系。（各科规定主辅系的学分数是根据各系的教学计划而定的，因而不尽相同）两辅系可以合并成为一主系，但两辅系之性质须密切联系；也允许学生只修读主系，而不修读辅系。不过多数学生出于毕业后谋求职业的需要，或者为了扩大知识面，以利于今后深造，大都选读与主系有关之辅系。此外，还允许学生除修读主系与辅系之课程的学分外，从二年级开始，在课程时间不冲突的情况下，选读自己感兴趣的课程，作为选修学分。

同时，在这一时期的教学管理工作中，任金大教务主任兼文理科长的夏伟思从美国教学制度中引进一种称为等级记分法的制度，即凡是学生上课在两周以上者，将其学程成绩列入等级。各学程成绩分为：1、2、3、4、5等，在普通情况下，每等人数均有一定，规定1等5等人数各占5%，2等、4等人数各占20%，3等人数占50%。凡列入五等的学生须作开除处理，列等人数的确定见表4-1。

该等级记分法明确规定，若教授所定成绩报告与此不符，便宣布无效。实施等级记分法的目的，是为了通过这种等级淘汰制，培养出合格人才。实施中遭到学生们的强烈反对，很多学生因此不来上学了。教授们也意见纷纷。著名哲学家刘伯明教授，竭力反对这种不科学的硬性规定。加上他看不惯有些传教士自以为是的专断作风，便愤而辞去金大职务（陈裕光《回忆南京金陵大学》，见《上海文史资料选辑》第45辑，第152页。）。尽管师生们反对，学校却继续执行。1942年《金陵大学教务简则》中仍保留着这一等级记分法。

    表4-1 等级记分法

金大的办学宗旨是造就具有基督化人格的人才，因而，必然要推行基督化教育。在汇文书院时期，全校设有较重的宗教课程和宗教仪式，圣道馆为学校的主要系科。建成大学后，一如既往。当时，规定的宗教课程有七八门之多，如：《圣经的意义》、《教堂的起源与发展》、《宗教与人性》、《摩根与耶稣生活观比较》等等。并规定每周有宗教集会三次（每次15分钟），星期日有大礼拜，全校教职员和学生人人必须参加，以培养灵修生活。在金大成立后到20年代初期，世界宗教领袖穆德艾迪、丁立美、史比耳（Robert.E. Speer），诚敬一、都春圃、司徒雷登、马相柏、余日章等都先后来金大作讲演或布道。每次讲演，礼堂内座无虚席。在1913年，艾迪博士的一次布道讲演之后，当场就有60位学生认基督为救主，而且其中大多数人就受了洗，表示志愿担任个人布道工作。学校里成立了数个立志布道团。此外，还有青年会组织的各种宗教活动，单查经班就有十余个，专门研究《圣经》，有诸如“宗教生活”、“耶稣对社会的教训”、“宗教与社会进步”、“旧约的性质”等等专题。因此学校内充满浓厚的宗教气氛。那时，在金大的学则中，还有一项规定叫学点制，是为鼓励学生参加有价值的课外活动而设。该制度规定凡欲得1学点，至少须有10小时之相当工作。每个学生每读本科4学分，须有1学点之必修数。而学生参加课外活动要接受学点制委员会的指导。当缺席达到一定次数便要扣减其学点。当时实行的规定学点扣减办法是：1. 星期一至星期五通常不赴朝会者每学期扣3学点；2. 星期六通常不赴朝会者，每学期扣2学点；3. 星期日通常不赴礼拜者，每学期扣2学点。可见实行学点制的目的之一是迫使学生参加宗教礼拜，以期通过宗教活动的熏陶，接受宗教教义。

重视英语教学也是教会学校的特征之一。19世纪末20世纪初，教会内部曾展开过英语与汉语何者重要的争论，当然双方都是出于何者最有利于传播宗教这一基本目的。争论的结果，以英语重要取胜而暂告结束。这个结论对教会学校毕业生的前途和教会学校的发展起了重要作用。金大一向偏重英语，不仅在课程配置上占有较大比重，而且要求十分严格。有一时期，英语入学考试要通过听力、读力、作文、语法、字量五道大关。在各系科的教学工作中，除国文、中国经史等课程采用中文教本外，其余课程一律采用英文原版教材，并用英语讲授，连助教指导实习或者在体育场上的用语等也无例外。不仅文科学生要读英国文学、英国史和英语修辞学，理科学生也在必读之列。因此金大的毕业生英语水准高出其他教会大学一等。在华东教会大学一年一度的英语辩论会上或者参加全国出国奖学金考试，金大往往名列前茅。在1910～1925年间，国内成千上万的学生渴望去欧美留学，由于英语是奖学金考试的重要内容，因此教会大学成为青年报考大学的选择对象。金陵大学因向以英语水准高而闻名遐迩，就更受到青年们的青睐。

与英语教学的情况相反，中国经史典籍的课程虽在金大也列为必修课程，占有较多学时，但教学质量不高。这是因为在教会学校中，中国教师的待遇低于西籍教师，未出过洋的中国教师又低于出过洋的中国教师。而教国文的中国教师大都没有出过洋，因而他们在学校中的地位和待遇最低。这样就难以聘到有名的学者。当时国文教师滥竽充数者居多。因此学生的国文水平比之国立大学也普遍较低。教育部派员视察金大时，注意到了这一情况，便当场出题测试学生的写作水平，题为“对于南京之感想”，限30分钟交卷，结果参加测试的170人中，“文理通顺者固不乏其人，然则误字劣文者占其大半”（《教育部视察金陵大学报告》（约在1921年）。）。教育部颇为不满。在1921年核准农科立案时，未批准文科立案。为此国文系主任向校董会提出了扩建国文系的建议，该建议提出“中国基督化需要传教士、医生、农业科学家，同时也需要有同样多的作家、翻译家、报人以及称职的中学国文教师。这样，金大就必须有一个师资力量雄厚的国文系。”（《扩建本校文理科国文系之建议》（《金大历史档案》）。）于是董事会作出决定高薪聘请国内著名的文学家陈中凡教授为国文系主任，同时延聘胡小石等名师来校任教。使金大国文系逐步充实，教学水平也随之不断提高。

金大的教学方法有两个特点：一是采用启发与自学相结合的教授方法，它区别于中国传统教育惯用的灌输式的教学方法。教师上课时，多用问答方式，并常常进行各种小测验（Quiz），课后布置作业和参考书，指导学生自学，以期培养学生的独立思考能力。而且采用这种教学法，学生上课时注意力集中，精神很充足。

二是教学工作注重实用，强调学以致用。因此在教学过程中，重视科学实验与调查研究，力求理论结合实际。这在农科尤为明显。农林科科长芮思娄从美国康奈尔大学农学院引进教学、科研、推广三合一制度，简称“三一制”，强调从中国实际出发，开展教学科研工作，并须落实到推广应用。为此，金大十分重视实验室和试验农场的建设。在20年代，金大就拥有较完善的化学实验室，有充足的生物学设备和符合当时标准的物理学设备。1926年，美国有关单位曾按美国小型大学公认的设备标准对中国教会大学进行调查，结果表明，金大和齐鲁、沪江、圣约翰、东吴等大学是当时设备最好的五所教会大学，尤以金大为佳。在1930年以前农林科便拥有面积可观的农场，其中在太平门外的总场已达1400余亩；还有分布在河南、安徽、江苏等省的多处分场。在农场里，开办有农事试验园，以培育作物新品种。同时，将通过试验获得的具有较好效果的改良作物和改良种植方法派人赴各地，通过举办展览会、实地试验及短期教育等方式推广应用。仅1924、1925两年，金大农林科曾先后派员到全国962个县开展宣传推广活动，很受农民欢迎。通过这些试验、实习、调查、推广等活动，使理论与实际得到密切结合，真正达到学以致用、学用结合的目的。

教会学校也是引进西方体育运动的先锋。早在20世纪初期，许多教会学校便开展了诸如田径、棒球、足球等体育运动。开始学生不乐意参加，认为“举止不高雅”，后来在实践中感到它有助于身体健康，改变了弯腰驼背的形象，便渐渐为学生接受了。金大不仅体育运动开展较早，而且最早开出体育课。1913年，体育专家马克罗（Macley）在金大华言科学习汉语，被金大聘为师范专科体育教授，每周授课两次，“教授木马、竹球等运动”，培养大、中学校和基督教青年会体育与公共卫生的教师和组织者。由此，体育运动便普及全校，无论是群众性的体育活动还是各类体育代表队的训练、竞赛都搞得很有生气。尤其是金大足球队，堪称上乘。在金大历史上最早的一场足球比赛是1915年，第一次世界大战期间，在南京小营与向中国投降的德国潜艇水兵队的一场比赛，全城约有2万人观看，盛况空前。比赛结果，金大以3：2获胜。1913年金大学生卢颂恩、胡宏华赴菲律宾参加东亚运动会，得到2分。金大迁至新校址后，由于没有运动场，开展体育活动要去干河沿旧址，很不方便。1925年，学生自筹经费，自编自演“一元钱”的文明戏，卖门票得款数千元，同学自己参加劳动，在新校址修建了运动场，使体育活动的开展如鱼得水，更为活跃。1927年，金大又与沪江、东吴、圣约翰等大学成立体育联谊会，组织联赛活动，更促进体育运动蓬勃开展。

金大自建校起，就主张德智体“三育并重”。1914年，学校作出明确规定：“凡运动员其学程绩分数在75分以下者，不得代表本校与任何学校比赛。”认为如果“体育称健，而德智薄弱，实非学校造育完全人才之本意，以之代表本校比赛，殊为本校之大辱。”（《金陵大学1922年同学录》，《金陵大学史料集》第286页。）这一规定虽导致一些运动员离开了金大，金大也在所不惜。

1925年修订的《金陵大学普通规则》不仅对运动员参加校外体育竞赛者的资格有规定，而且对于学生参加团体组织及各项竞赛的资格也作出具体规定，即学习成绩总均必须在4等或3.5等以上者方有资格参加社团组织和各种竞赛。以保证体育运动和其他活动不妨碍正常学习。

为养成学生的自治能力，金大早在1914年就仿效欧美大学建立学生自治会。这在全国大学中或为先声。自治会不用会长制，设议事部与执行部（后改为监事部与理事部）。议事部设评议部正副部长、中英文书记兼书启、部员（共9人）；执行部设出版、艺术、交际、体育、卫生五科（各科5人）。议事部部员须经预选、初选、复选、决选等严密手续选举产生，每学期改选1/3。而执行部各科人员则由议事部提名经全体部员决选产生。任何选举都采用记名投票法表决。学生自治会在促进学术交流、开展文体活动、增进相互友谊以及学校与学生的联系、发展生活自治等方面发挥重要作用。那时，凡是以学生名义发行的杂志刊物（如《金陵光》、《金陵周刊》等）、学生社团活动、各种演出会、辩论会、庆祝会、纪念会等都由学生自治会组织和管理。体育竞赛活动、清洁卫生工作（如体格检查、监厨、支配工友打扫宿舍、浴室等）则通常由教员会与学生会配合进行。

在这一时期（1910～1927）由于金大较少受到战乱影响，教学秩序稳定，经费有保证，教授又得法，因此教学质量不断提高。这个时期，金大共毕业学生550多人。其中涌现出不少优秀人才。如人民教育家陶行知，化学家陈裕光、李方训、戴安邦，物理学家魏学仁，医学权威戚寿南、侯宝璋，农学家谢家声、陈祯、王绶、孙文郁、章之汶、郝钦铭、乔启明、戴芳澜、秦仁昌等，都是这一时期毕业生中的精英。

1928年，美国加利福尼亚大学的誉志久野教授根据中国教会大学所授课程、设备、学制，特别是在美国留学生的成绩记录，综合统计表明：1925年后的金陵大学和燕京大学为教会大学中的甲级或乙级（1925年前的燕京大学尚属丙级）。也就是说，这两所学校的毕业生完全有资格直接进入美国研究院。（［美国］杰西格·卢茨：《中国教会大学史》第186页。）按照这个标准，当时国内则有七所国立大学被列为甲级或乙级。而那时的圣约翰、华中、沪江、齐鲁、岭南等教会大学以及金陵女子大学都只能列丙级。