经过八年离乱，金大师生归心似箭，急切盼望返回南京，重建校园。可是由于交通拥挤，南京校园又待接收和整修，一时不能迁返。1946年9月，仍在华西坝开学上课。11月，金大遵照教育部的命令，成立金陵大学复校委员会，着手筹备复校事宜。12月，五大学校长联席会议作出决定，1945～1946学年第一学期及寒假缩短，第二学期提前开学。从1946年4月起，各校同时开始迁返。

抗战时期的南京校园，始由学校组成留守委员会负责看守，留校看守的外籍教师贝德士、史迈士、林查理等人发起组织国际救济委员会，并联合留京的其他教会学校的外籍教师及外国有关的热心人士，从事难民救济工作。当时，日军入城后，奸淫烧杀，无所不为，成千上万的难民无处躲藏。金大是外国教会办的学校，可以保护这些难民。于是他们便开放校舍、住宅、农场收容难民，并设立粥厂、补习学校等以资教养。但当难民一离开金大，立即就遭日寇枪杀而未能幸免。及至太平洋战争爆发，学校被汪伪政府占领，留守人员才撤离学校。1942年，由汪伪政府开办的南京中央大学从建邺路原中央政治学校旧址迁入金大校舍。该大学设有文、法商、教育、理工、农、医6个学院。文、法商、教育3个学院设于北大楼，与此同时，北大楼改称中大楼，农学院设于农林馆，理工学院设于科学馆，医学院设于东北角新落成的应用科学馆，戴氏祈祷室（即小礼堂）为教育学院的钢琴室。男生宿舍设在校内宿舍楼，女生宿舍设在陶园。学校的图书、设备皆由该校使用。与此同时，金大附设之鼓楼医院也被日寇占领，改名为同仁医院南京分院，附设的金陵高级护士学校也于1942年由日本人接办。

日寇投降后，金大即派贝德士教授和事务组顾俊人于1945年10月离成都赴南京，会同其他留京人员接收校舍；请史德慰教授（美籍）接收鼓楼医院，并暂任该院院长（复员后由谭和敦任院长）。贝德士抵京后，先后与中央大学和南京的中央大学接洽，商定南京中大的土木工程系、医学院、音乐系、美术系等院系的仪器设备归中央大学接收，其他图书杂志及各院系之设备，由金大接收。当时教育部为处置收复区的专科以上学校失学的学生，在平、津、京、沪四地筹设临时大学补习班。南京临时大学补习班借用金大部分校舍（北大楼、科学馆、甲乙丙丁宿舍、体育馆、大礼堂、陶园）举办，商定至迟于1946年5月前归还，保证金大按期开学。陈裕光校长于1945年底返回南京，对接收工作感到满意。此时，金大校舍从表面上看完好如初，三楼依然嵯峨，内部则损坏严重，家俱图书散失无数，仪器设备损失严重，珍贵标本则荡然无存。重建校园刻不容缓。

从1946年4月起，金大开始陆续迁返南京，大部分教职员和学生由陆路乘卡车出广元到宝鸡，然后改乘火车，经陕、豫、苏三省回到南京；其余由水路自重庆乘江轮先后抵南京。水陆两路师生一路备受艰辛，但均平安抵达。图书仪器设备于1946年10月方到。附属中学也同时从万县迁回。1946年9月均在南京原址开学了。虽然这时房屋设备尚未整修完峻，工作生活条件不尽人意，但因为终于把陷中国人民于苦难深渊的日寇赶出了中国，大家又能重返故地，还是感到无比欣慰。这一年的7月29日，金大史学教授贝德士（外籍）作为日军在南京暴行的见证人，应邀在东京国际战犯法庭作证。他以大量亲眼目睹的事实，揭露了日军在南京犯下的种种奸淫、屠杀和掠夺的罪行。（成都《新新新闻》报，1946年7月30日。）

为了支持教会大学重建校园，中国基督教教会大学联合会募得捐款计国币90亿元，政府拨款60亿元。金大分得31亿元，在中国的13所教会大学中列第二位。金大获得此项捐款，使校舍修复及设备添置工作得以顺利完成。学校迅速恢复昔日“花木扶疏绿荫深，楼宇环抱碧草坪”的情景，国旗重又在校园内高高飘扬。

复校以后，金大行政机构又进行了调整。1947年6月，金大校董会举行复员后的第一次会议，改组校董会，推举陈光甫（上海银行创办人、总经理）、杭立武（金大校友、教育部次长）为正副董事长；校董会的财政执行委员会改由陈光甫、杭立武担任正副主席；校董会的校友代表也进行了改选，杭立武、乔启明、马保之、戚寿南等4人当选。在复员后的二年内，各院院长人选也有变动。1946年，文学院院长蔡乐生辞职，陈裕光校长兼任，后由倪青原继任；理学院院长魏学仁因代表中国赴美出席世界原子能会议，并当选为世界原子能管制委员会委员，其院长职务便由副院长李方训接任；农学院院长章之汶于1948年参加联合国粮农组织的工作，改由孙文郁教授担任院长。总务长一职，因顾琢人去世，由朱庸章继任。贝德士继曹祖彬就任图书馆馆长，不久由李小缘兼任。

抗战胜利后，内战烽火即起，国统区政治腐败，百业萧条，通货膨胀，又使人民陷入水深火热之中。教育事业得不到重视，教育经费短缺。金大虽能获得美国救济总署的一些捐赠，仍不敷开支，教学科研经费不得不紧缩，事业难以发展。在战后数年中，除农学院于1948年增设农业工程组（1949年改建为系）外，系科设置基本维持现状。科研机构，按照教育部1947年修订颁布的《大学研究院暂行组织规程》进行改组，撤销原来文、理、农科研究所所设各学部名称，系所合一，研究所均以系名称之，系主任及所有教师均为研究所人员，不另支薪，但也不得因此减少教师教课时数。金大改组的结果，设立史学研究所、社会学研究所、化学研究所、农业经济学研究所、农艺学研究所及园艺学研究所，分别属文、理、农三学院领导。这虽可解决过去“叠床架屋”之弊，有利于节省经费，但实际上是换汤不换药，并无实质上的区别。改组后的研究所，因社会动荡，人心浮动，经费不足，研究事业未能得到振兴。复员后的中国文化研究所因经费缺乏，人员星散，已形同虚设。就连农学院创办了十几年的《农林新报》，在复员后，也因经费无着，始终未能复刊。

截至1948年底止，金大文理农三院设22个系、4个专修科、7个研究所；教职员150余人，在校学生总数1100人。

文学院     中国文学系、外国文学系、历史学系、哲学心理系、政治学系、经济学系、社会学系、社会福利行政组、国文专修科、图书馆学专修科以及史学研究所、社会学研究所、社会福利行政研究组。另设中国文化研究所。

理学院      数学系、化学系、物理系、动物学系、电机工程系、化学工程系、电化教育专修科以及化学研究所。

农学院      农艺系、森林系、农业经济系、园艺系、植物病虫害系、植物系、蚕桑系、农业教育系、农业工程组、农业专修科以及农艺研究所、园艺研究所、农业经济研究所。

从1938年到1949年这十年间，金大文理农三院毕业生中又涌现了一批有成就的学者，如吴中伦（林学家）、左天觉（烟草专家）、卢良恕（小麦育种专家）、陈彪（天体物理学家）、沈彬康（化学工业实业家）、方仲达（植物病理学家）、庄巧生（生物育种专家）、阳含熙（生态学家）、陆熙炎（有机化学家）、程时（高分子化学家）等。还有曾任新加坡驻泰国大使、驻比利时兼共同市场大使、联合国驻欧洲代表的何日华等人。

1948年11月12日，是金大建校60周年纪念日。学校举行了隆重的庆祝典礼。参加庆祝典礼的有：教育部长朱家骅的代表杭立武次长、南京市市长沈怡、总主教于斌、校董会董事长陈光甫、美国在华基督教大学联合托事部代表芳卫廉、美国华盛顿大学商学院院长波来斯登、中大校长、金女院院长等中外来宾及校友共千余人。陈裕光校长在庆典上发表讲话，陈述了金大60年的发展历史和成就。

在金大校庆期间，英美两国电台举办了庆祝金大60周年校庆的广播节目。中国教会大学在美联合托事部主任樊徒生、美国国务院教育处长约翰司登和英国著名科学家李约瑟博士等分别在美、英两国的电台作讲演。金大进行了转播，盛况空前。

但那时，国民党政权已频临覆灭的前夜，学校前途未卜，因此于热烈的气氛中也就不免笼罩上一层阴影。在为已故前校长福开森和包文（福、包二氏分别于1945年和1944年在美病逝）举行的纪念礼拜上，当时的驻华大使司徒雷登发表讲话，他在祈祷福、包二氏的功绩“永垂千古”、祝愿陈裕光校长“继往开来”以后，不无凄凉的说：“虽以荆棘丛生，困难多端，仍盼金陵大学福寿无疆。”（《本校60周年纪念专号》，《金陵大学校刊》第376号，1948年11月30日。）

就在这一年冬，中国人民解放军取得了辽沈、淮海、平津三大战役的胜利。南京的政府机关开始疏散，作逃遁之计。大专学校也接到命令需作搬迁的准备。各校迁校与返迁校的斗争十分激烈。金大同样面临迁校问题上的抉择。当时主迁者不乏其人，当然其中多数是出于对共产党的政策不了解所致。但许多教师，以戈福鼎、王绳祖、余光?、高觉敷、吴祯等教授为代表，据理力争，反对迁校台湾。经过多次召集全体教职员会议和校务委员会讨论，终于作出了不迁校的决定。陈裕光校长在1949年1月正式复函在台校友，告以“经费无法筹措，新旧校址亦不易有妥善办法，决定不迁，仍举行招收新生”的决定（金大档案699号，第63卷。）。

1949年春，金大按期开学。虽有些学生因家庭召归或家庭迁徙而离校，但到校学生仍在三分之二以上。多数教师也都留校授课。学校为应付时局变动时可能发生的意外事故，留校教职员与学生联合组成安全委员会，下设宿舍分配、交际、消防、医药、联络、防护、膳食七个组，各组均有一位教授担任组长，负责守护校舍，储备粮草，应付危急。自春季开学至国民党军队撤离南京，解放大军入城，全校照常上课。仅因军队撤离时沿途拉夫抓车，枪声四起，学校才停课两日?949年4月23日，金陵大学终于迎来了南京的解放和学校的新生。