抗战期间，中央大学仍按《中央大学组织大纲》规定，设校长一人，负责综理校务，由国民政府任命。1941年8月，罗家伦辞职后，继任校长依次为顾孟余、蒋介石、顾毓臔，任期都只有一年左右。抗战胜利后，清华大学理工学院院长吴有训接长中央大学。

西迁后，罗家伦继续苦心孤诣地谋求中央大学的发展，扩大办学规模，延聘名流师资，增设新兴系科，创办研究院等，使中央大学在战火纷飞中声誉日隆。到了1940年前后，重庆物价暴涨，十倍于战前，学校经费拮据，难以维持，罗家伦实感“精疲力竭，再也不敢继续下去了”,加之国民党派系之间的倾轧，遂于1941年7月，提出辞呈。8月，罗家伦辞职获准，于是告别了他苦心经营十年之久的中央大学。后由顾孟余继任。

顾孟余，北平人，1888年生。早年毕业于德国柏林大学。回国后，任北京大学经济系教授、系主任和教务长。后来出任广东大学、中山大学校长。1926年起，先后被推选为国民党中央执行委员会常委，历任中央宣传部部长、教育部部长、铁道部部长和交通部部长等，在国民党内享有一定的声望。1941年8月出任中央大学校长。他为人态度严肃，不苟言笑，与师生接触甚少，教授有事请见，也须事先约定。但在教育行政管理上，比较宽容，对校务和师生生活极为重视，为摆脱经济上的困境，多方努力为学校筹集资金，以改善教学和生活设施。长校期间，重建了图书馆，新建了能容纳三千人的大礼堂，还有数栋宿舍，使学校面貌大有改观。后因与当局不合，1943年初提出辞呈，未待获准，旋即赴美。

顾孟余之后，谁长中大，当局举棋不定，一时传言纷纭。于是引发了以挽留顾（孟余）校长为由的1?500多名学生向国民政府的请愿游行，挽留顾校长的标语、壁报贴满饭厅四周，这是抗战以来，重庆首次发生的最大的学生风潮。为了稳住中大，避免事态的发展，蒋介石匆忙上阵，行政院第60次会议决定：准予顾孟余辞职。校长一职，由行政院院长蒋介石自兼。（《中央日报》，1943年2月18日，第1版。）当即各主要报纸都在显要位置上作了报道。

蒋介石亲自出长中央大学，便在学校特设教育长一职。湖南省教育厅厅长朱经农奉命担任，代表校长驻校主持校务。1943年3月5日，蒋介石偕同朱经农到校视事。7日，在全校大会上发表就职演说，提出：“大学应注重培养新的精神与新的风气，以造就一般学生为建国干部，克尽其实行三民主义建设国家之责任。”又说：“大学是培养领袖人物的场所，中大的学生应负责起领导千人或万人的使命。”他要求全校师生以“勤俭朴实、刻苦耐劳之精神，造成中大之新风气。”而“新风气”的形成，“端赖学生能竭诚听从师长之教诲”。教师应该“视学生如弟子，于讲授课业之外，对其日常饮食起居与休息，随时注意指导，养成整齐清洁与守纪重秩序之习惯，切实尽到‘教’与‘育’之职责”。（国立中央大学校刊编委会：《国立中央大学校刊》1944年第3期。）其实都是重弹1938年颁布的导师制训令的老调而已。

蒋介石平时每周六下午来校，届时教育长朱经农必须偕同“三长”和军训教官到松林坡山脚下，恭候校长来校巡视。巡视内容一般是学生伙食和宿舍卫生，偶尔也到农场看看苗圃、喝杯新鲜牛奶，对学校的教学、科研等涉及不多。但也办了两件实事：战时纸张印刷困难，被迫停刊一年多的《中央大学校刊》，在他的过问下得到了复刊，为增进系科之间相互了解、活跃学术空气提供了园地；1943年冬，蒋介石看到大学生鞋袜洞穿，衣衫破烂，发给每人一件军用大衣，白天穿着御寒，晚上可以当棉被盖，比麻袋、报纸强多了（当时确有穷学生用麻袋、报纸加盖在薄被上）。

1944年夏，蒋介石辞去中央大学校长，改任永久名誉校长。同时撤销了教育长一职。继任中央大学校长的是原教育部次长顾毓琇。

顾毓琇，江苏无锡人，1902年生。1923年从清华学校毕业后赴美攻读电机工程，1928年获麻省理工学院博士学位。回国后，先后任浙江大学电机工程科教授兼科主任，中央大学工学院院长，清华大学电机工程系教授兼系主任、工学院院长。1938年出任教育部次长。1944年8月出长中央大学。他在向报界发表谈话论及教育方针时说：大学应注重学术研究，提高研究风气，改善研究人员待遇。盖尊重学术为教育人才、培植文化之根本原则。主张“教授为第一，尊重教授地位及其学术上之成就，以避免学术机关变为行政机关”（国立中央大学校刊编委会：《国立中央大学校刊》1944年第18期。）等观点。

顾毓琇长校期间，力谋扩充和发展学校规模，改善教学环境，对系科的增设和调整归并做了大量细致的工作。于公务之暇，还亲自上课，指导实验，如为电机工程系开设《电工教学》，为工科研究所开设《交流电网分析》等，深受学生欢迎。

1945年8月，日本无条件投降。顾毓琇辞职离校。中央大学师生在迎接抗日战争胜利的同时，也迎来了新到任的校长吴有训。

（二） 行政管理机构

学校的行政总机构是校长办公室，负责综理全校的行政事务。校长办公室下辖人事室，专管教职员聘派事宜，设主任秘书一名，由校长聘任。重庆期间，先后出任主任秘书的有彭百川、夏开权、贺壮予、吴功贤等。日常的教学、行政工作，划归教务、训导、总务三处分管。

教务处 负责全校教与学两方面的工作，设教务长一名，由校长聘任。重庆期间，先后出任教务长的有童冠贤、胡焕庸、张士一、唐培经等。下设：1 注册组，负责学生成绩考核、统计；2 出版组，负责供应讲义，检查并发行校刊及由中央大学主编的刊物等；3 图书馆，校本部和柏溪分校各有图书馆一所，馆长洪范五。后来成立“中央大学图书委员会”，由陈章任主席，聘请各院著名教授11人组成该委员会，在经费拮据、图书缺乏的情况下，加强图书的购置和管理工作，起到很好的协调作用。

训导处 负责学生的训导工作，设训导长一名，由校长聘任。重庆期间，先后出任训导长的有张庆桢、陈鲲、周鸿经、王书林、何义均、沙学俊等。下设生活指导组、体育卫生组、军事训练组和卫生室。柏溪分校和成都医学院设有训导室，各设主任一名。1938年6月，中央大学试行导师制，成立主任导师室，规定导师对学生的思想、行为、身心、学业、进修进行切实的指导。原由主任导师负责，后主任导师由训导长兼任，训导处的管辖范围就更大了。每学期由校长召集一次训导会议，制定本学期的训导计划及实施等。训导处每月召开一次处务会议，审议和讨论学生的操行等级以及学生生活安排等。

总务处 负责学校事务性工作，设总务长一名，由校长聘任。重庆期间，先后出任总务长的有张广舆、王书林、吴干、袁宗泽、吴世瑞、戈定邦等。下设：工务、事务、保管、文书、警卫和出纳室。大学的会计室是独立的，其主任、佐理员及雇员均由国民政府主计处派任，在校长督促下，办理帐目的审核、呈报等。

柏溪分校设立校长办公室，为校长驻分校办公地点，设办公室主任一名，秉承校长指示综理分校事务。另设教务、总务室，各置主任一名，代表教务长、总务长办理分校教务、总务事宜。分校的训导事宜由主任导师室负责。

各学院院长和系科主任，由校长就教授中聘任之，唯师范学院院长须由校长呈报教育部审定后聘任之。

除上述的“一室”、“三处”负责学校日常行政事务外，另设校务会议和行政会议，襄助工作。校务会议是决策性机构，由校长、教务长、训导长、总务长、各院院长、系科主任、会计主任及教授代表组成，校长任主席，主要审议学校的预算与决算、院系的增设或裁撤、规章制度的颁定，重要设备的购置等，每学期开会一次。行政会议是讨论或布置学校日常性事务，由校长或“三长”负责召集，每周开会一次。

（三） 经费

教育部核定中央大学每年的经费为172万元。1937年9月，国民政府就借抗战名义，大大缩减教育经费开支，将已核定各国立院校的经费按七成支付。迁渝初期，物价低平，师生人数亦少，图书仪器因战事无从添置，系科也未谋发展，本着共赴国难，一切从简的原则，教育部支付的经费还勉强应付。随着学校师生人数的猛增，院系的发展，图书设备的添置，经费短缺的矛盾日趋尖锐。尤其是1940年以后，重庆物价飞涨，教育部支付的经费仅够开支教职员工资、伙食补贴及部分教学用费，其他开支全无着落；加之中大校址分散，人员、系科大幅度增加，教育部并未就此增补经费；此外，还有一个独特的原因，就是应用学科发展迅速，其经费开支远较其他系科为高，于是经济状况日见支绌。学校只有利用地处大后方中心的优势，以及雄厚的教学科研实力，巧立名目“争吃小灶”，不时请求补助，如救济费、追加费、专用款、委员长特拨补助费等，尽管如此，还是入不敷出，东借西挪，举步十分艰难。罗家伦的辞职，其重要原因之一，就为筹措经费无着落，不敢支撑下去而离开中央大学的。抗战时期，教育经费奇缺成了历届校长最头痛的事。
中央大学经费的分配，以1945年度内部预算分配为例，见表４－1（南京大学编：《南京大学校史资料选辑》，内部资料，1982年，第359页。），表中用于各院的教学经费为375 900元，仅占总经费支出的13．46%，而分配到各院的经费，又以文科最少，文、法两院经费为12 000元，占3．5%，两院学生共1 010人，却占全校总人数的27．3%，若分摊到学生，每人可得11.8元（当时重庆的黑市米价为300元一担）。相对来说，医学院、工学院和农学院经费要高得多。而占本大学经费2/3的是学校各种补助费、公共用费及教职员工资。

表４－１ 1945年度内部预算分配草案