西迁后的教学工作，除取消主辅系制度外，学制无大的变化。在课程设置上，根据战时和建设的需要，进行了修订。文学院加强战时知识与实用技能的教育，国文系增设公文程式课，历史系增设日本史、边疆问题概论、西南边疆等课，政治经济学系增设中国经济地理、交通经济、战时经济、战时财政、所得税会计等课，哲学系增设战时哲学、军事心理、应用心理、人生通论等课，社会学系增设人口问题等课。理、农学院也从战时需要出发，结合四川省的实际，对课程作了修订。由于抗战时期，实验设备和试验场地的缺乏，基本依靠课堂教学和书本。同时，学生除了上课，还要参加军事训练，并经常深入城乡开展抗日宣传活动。这样，就不可能有战前那样完全正常稳定的教学秩序。

抗战初期，国民政府颁布《战时各级教育实施方案》，明确提出以“实现三民主义为一切训练之最高原则，使全国青年皆有正确之观念及救国之决心”。并相应地推行导师制和“政教合一”的训导制度。金大据此制订了《金陵大学导师制暂行细则》，规定每个年级学生按5—7人分成若干组，每组设导师1人，由专任教授或讲师充任。学校设总导师1人，由教务长兼任，综理全校学生训导事宜。并成立了金大训导委员会，由校长、三院院长、总务长、教务长（总导师）及各组导师组成，校长任主席。以领导全校训导事宜。按当时教育部颁发的《中等以上学校导师制度纲要》的规定，导师对于学生之学业、思想和行为及身体状况应依照格式详密记载，每月及每学期终了，按期报告总导师，由总导师汇集报告训导处，再由训导处转教务处登记作为操行成绩，这项成绩将作为奖学金、荣誉奖、学生团体代表资格审查的依据。导师认为学生不堪训时，可予退训，如再经退训，则由学校除名。很明显，实行这种训导制度的目的，在于控制学生的思想行为。因此，它不仅遭到学生的反对，也为进步老师所抵制。在实施中，这种导师制度渐渐流于形式，名存实亡。

入川后，师生员工的生活一直处于艰难境地。由于学校经费支绌，不但不能给教职工加薪，反而以七折发给，后来虽改为全薪发放，亦因物价上涨、货币不断贬值而难以得到改善。为此，很多教职员不得不外出兼课兼职，赖以维持生活。许多学生因交通阻隔，经济来源断绝，更陷入了困境。当时，除靠教育部发放的贷金和救济品外，学校采用勤工俭学方式，让一些学生利用课余或假期，从事打字、管理图书、收发信件、接电话以及抄写文稿等工作，以获得微薄报酬。同时，学校也适当降低学费标准，使有困难的学生通过自己的努力度过难关，完成学业。此外，学校设置了奖学金，以鼓励学生奋发向上的精神。这个时期，师生们不仅物质生活艰苦，还常常遭到敌机骚扰，生活极不安定。1938年6月11日的一次轰炸，华西坝中了4弹，陈校长住宅被震毁，多人受伤；农学院植物病理系教师张益诚遇难。但尽管生活艰苦，教师仍一如既往，孜孜不倦地从事教学工作，学生们也安心刻苦地努力学习，校园中始终充满浓厚的学习气息，“警报频传而弦歌不断”。

1941年5月，教育部为奖励教师，给予机会进行考察研究，提高学术水平，特颁发了关于现任教授休假进修的训令（第18010号）。金大据此制订了《金陵大学现任教授休假进修暂行办法》。规定凡在本校连续任教授七年以上成绩卓著者得予以离校考察研究1－2年的机会。同时，相应建立教员休假进修遴选委员会，制订资格审查记分百分法，从四方面审查：一、品格，占30%（包括公正、忠职、合作、纯洁、热心各6%）；二、教学占35%（包括年资7%、勤勉5%，启发5%，课余6%，方法5%，质量7%）；三、研究占25%，著作（包括未发表）：书、研究论文、专门著作、进行中之研究发明；四、学校需要占10%。同时，参照该办法，制订了现任讲师以上教师初次休假及出国进修办法，规定必须具有学士学位且历年成绩在中等以上（或相当75分以上）、在本校任教满5年以上成绩卓著的教师得予以休假赴国外深造，时间1－3年。这个办法执行情况如何，未见有记载，但从办法本身而言，值得借鉴。对于教师来说，在长期从事教学工作以后，有一段时间集中精力专门致力于考察和研究工作，是有必要的。这种资格审查的计量法，也不无可取之处。

从1937年到1945年间，金大有1057人毕业，其中本科生695人，硕士生52人，专科生310人。由于战时建设的急需，理学院的工科毕业生得到了充分施展其才能的机会，他们在汽车维修、发电厂建设、酒精制造等方面作出了出色的贡献。如：在甘肃油田汽车维修站工作的汽车专修科毕业生，由于他们的辛勤劳动，保证了一辆辆卡车正常运行，得到了油田总指挥的赞扬。电机工程系的毕业生在大后方发电厂的建设中，发挥了重要作用。当时，在兰州的一座200千瓦水力发电厂的建设中，就有好几个电机工程系的毕业生在那里埋头苦干。化工系的毕业生承担和管理着属于陆军部的几家大酒精厂。毕业生们战时的工作成绩，为母校赢得了荣誉。教育部为此多次给理学院拨款和馈赠，总额达11600万元。美国洛克菲勒基金会、中国救灾联合会、重庆十团体、邮电通讯部等也给予理学院多方面的赞助。

西迁后的科研工作仍列为金大的一项主要任务。各学院为了加强对科研工作的领导，使研究工作能有计划地开展，分别制订了院研究委员会的组织大纲，明确规定其职责为：审查各系科学研究计划（有无经济或学术价值）；审查出版的科学论文和本院的出版物；审核学生的毕业论文。并规定未经研究委员会审查的科研项目，概不发给经费，使那时有限的经费得以合理使用。

各学院在西迁时期的科研工作，大都密切结合战时建设的需要和四川省的实际进行的。其中有许多项目得到了政府机关和社会团体人士的支持和合作。文学院采取因地制宜办法，侧重于边疆问题和考古方面的调查和研究；理学院在为战时建设服务方面，得到了大显身手的机会；农学院集中力量对四川省的主要作物开展研究。这个时期，科学研究工作取得的主要成果有以下几方面：

在基础科学的研究方面，化学系李方训教授作出了突出贡献。西迁后，他在简陋的实验室里，继续致力于他在美国西北大学研究院攻读博士学位时所开创的葛林试剂在非水溶液中一系列性质的研究工作。着重对溶液中离子性质这一物理化学中占有重要地位的问题有系统地进行深入研究，作出了创造性的成果。这期间，他先后在国内外杂志上发表了有关离子的水合热、水化熵、离子的表面体积、等张比容、离子的极化和半径、离子的抗磁性化率等10余篇论文，得到了国内外的重视。美国西北大学特邀他赴美讲学。并为了表彰他在溶液理论方面的杰出贡献，于1948年特授于他荣誉科学博士称号，赠予象征已打开智慧之门的金钥匙。世界著名生物学家、科学史家李约瑟博士在他《科学前沿》一书中，盛赞李方训博士是一位杰出的科学家。1947年，李方训受中国化学会的委派，出席了英国化学会成立一百周年庆祝会，同当时世界著名学者如鲍林等一起砌磋学术。李方训的成就是金大的骄傲。

在实用科技的研制方面，理学院也取得了一系列有价值的成果。如缩微胶卷工程，是中美合作研制的项目，用缩微胶卷进口美国科技杂志。理学院教师为阅读这种胶卷的影象研制成功一种新型阅读器，其清晰度同阅读一般图书一样。同时还设计成功简单的缩微胶卷复印机，为当时引进国外先进科技创造了条件。电化教育专修科与国家资源委员会合作，由该委出资150万元，合作拍摄战时工业电影6部：电力工业、机器制造业、重型金属工业、电力设备制造业、油田、汽车的各种代用品等。这批影片的完成，使金大电化教育专修科的名声大振。这个专修科在抗战时期还为各省市培训电教人员200多名。1943年11月，教育部肯定了金大电教工作，认为它是国内唯一用这种方式进行教学的一所学校。化工系的教师利用国产原料，制成多种化学药品，如防治黑穗病的碳酸铜、工业用的硫酸铵与氧化铵、照相印染及制革用的硫化硫酸钠等。中国化学会第九届年会对此成果曾授予奖状。化学系戴安邦、裘家奎教授从事汞色素的纯净芒硝蒸馏水的研制，解决了当时医药及防治植物病虫害的急需。此外，理学院的日蚀观测、风筒实验、木材干馏、干湿电池等项目，也取得了一定成果。1943年教育部颁布指令，嘉奖理学院，尤其是重庆分部的工作。该指令指出：“该院管理极有效率，教学科研工作取得显著成绩，实验工厂很好地完成了国家急需的生产任务。”

在农业科学的研究和推广方面，农学院教师着重致力于四川省主要作物（稻、麦、棉）、特种作物（桐油、柑桔、茶、蚕桑）和畜产的研究与改进，以及农村经济、农业教育状况的调查和实验。研究工作的特点是由专题研究趋向于综合研究，即以某种事业为研究中心，有关系科的教师联合进行研究，以求该事业的全面改进，如从选种、栽培、防霉、加工、贮藏以至运输等问题。综合研究的课题有：稻、麦、棉、柑桔和烟草等。研究工作既重视实用，又探讨理论。据1942年统计，该院科研项目达114项 。1944年写成论文并出版各种研究丛刊达99种，发表在农经类《研究设计》的计有12项（大都为四川的农业方式、农场经营，改良土地分类、合作金库、生产与运销等方面内容）。这个时期的农业推广工作，由示范推广转入训练辅导为主阶段。该院推广部在仁寿、温江、新都等县建立农业推广区，设立农业推广学校、各种训练班、补习班，开展农业教育，并与农产促进委员会、中国银行管理处合办初高级推广人员训练班，为各县农业推广工作培训骨干。在人文科学和哲学社会科学的调查与研究方面，历史系从抗战开始，即着手收集史料，编纂《中日战争史料》。政治系继续进行县政制度的调研工作，尤其注重非常时期县政机构效率及乡村政治改善办法的资料收集和研究，以新都实验县为调查研究的重点。此外，文学院的教授在抗战时期，继续埋头著书立说，不断有新作问世。1944年前出版的有陈仲之的《发集注》、罗卓汉的《史记十二诸侯年表考证》、高文的《汉碑集释》、程会昌的《目录学丛考》、张守义的《中国文学疏证》、孙望的《唐诗补遗》、沈祖盞的《双白词肌参》、刘道和的《方言疏证补》、王绳祖的《中国外交史》、陈恭禄的《西晋史》、柯象峰的《西康社会鸟瞰》、卫惠林的《中国边疆社会文化史》、倪惠元的《实用人事管理》、林蔚人的《财政学》、倪青原的《哲学概论》、蔡乐生的《汉字研究》等著作。此外还出版了胡翔冬所著诗草《白怡斋诗》及佘磊霞的遗著《珍卢诗集》。

中国文化研究所在考古方面获得新的进展。1938年初，商承祚教授在西迁途中，路过长沙，闻有古物出土的消息，便欣然前往长沙近郊，考察了汉楚墓葬制度，收集到该地出土文物计类五凡六十六品，如漆器、铜器、玉石器、陶土器、丝革等，均很精美，足以代表楚代文化。1940年，正值日寇围攻长沙之际，商教授再度赴长沙，冒着战火进行考察，又得类七计百五十五品，并将其装箱后安全运抵成都。经过整理和研究，写成了《长沙古物闻见记》一书及《长沙古器物图录》、《楚漆器集》等文，受到考古学界的重视。之后，商承祚等人又进行了四川汉墓的调查与发掘、汉阙的调查、邛窑的调查，足迹遍及四川省的新繁、新津、灌县、乐山、眉山、重庆等地。历经数年之考察，共得古物、金石、邛窑、汉画千余件，并整理成《四川新津汉崖墓砖墓考略》等文。商氏于1942年离开金大，未及整理的资料，由刘铭恕整理完成。此外，中国文化研究所还有史岩教授壁画之调查，徐益棠教授西康之考察及雷波小凉山之考察。抗战后期著名语言学家吕淑湘教授应聘该所，他开创了文法学的研究工作。

中国文化研究所在长沙、四川考古所得之古物，加上福开森的捐赠和1936年时何燧氏（立法委员）捐赠的百数十秦汉瓦当，使金大有较丰富的古文物收藏。今天南京大学古文物陈列室就是那时奠定的基础。商承祚教授为弘扬我国古代文化作出了重大贡献，其献身于学术的精神，令人钦佩。

西迁时期，金大文学院和中国文化研究所办有定期刊物：1.《斯文》半月刊，发表教师短篇论文，1940年创办。2.《边疆研究通讯》月刊，由社会学系社会教育研究室编印，1942年创办。3.《史学论丛》，历史系创办 （因经费不足，未能续办）。4.《边疆研究论丛》，由徐益棠教授主编，共出三期。5.《中国文化研究汇刊》，由金大、燕京、齐鲁、华大四大学的文化研究所或国学研究所联合创办，各校轮流担任主编。金大由李小缘任主编，1940年创刊，1950年停刊，共出八卷，是一份有影响的学术刊物。