从接管中央大学之日，也开始了对旧教育制度坚决而又审慎的改造。当时的南京市军管会文教委员会和高教处十分尊重高校教师的意见，多次邀请南京市各校教授座谈，共同分析旧中国教育制度的弊端，研究改革的途径和方法，并确定了“维持原有学校，逐步进行改善”的工作方针。在南京大学，通过一系列积极、稳妥的改革，确立了社会主义办学方向，也明确了教学和科研相结合的具体方针，以及民主集中制的领导体制，从而为南京大学在50 年代初的发展奠定了坚实的基础。

（一） 取消训导制，调整校机关

1949年5月11日，在宁各高校教授代表一致要求，“取消国民党统治学生的训导制，实行理论与实践相结合的教学方法。”中央大学废除训导处后，将校部机关调整为两个处，其一为秘书处，下设总务科与秘书室；其二为教务处，下设图书馆、注册组与讲义室。

（二） 确立新的办学宗旨

1949年6月7日，南京军管会文教委员会邀请在宁高校教授座谈高等教育问题，文教委主任徐平羽指出：“新民主主义教育的总方针是：反对帝国主义、封建主义和官僚资本主义的文化和教育。过去的教育是和人民脱节的，今天就应该一切为了人民和人民的生产建设。具体说来，教育工作者的任务，是给人民以为人民服务的立场和思想，和给人民以为人民服务的各种知识和技术。”9月，《中国人民政治协商会议共同纲领》宣布了新中国建国初期的教育方针。根据这一方针，南京大学确立了新的办学宗旨：“以理论与实际一致的方法，培养具有高级文化水平，掌握现代科学和技术，全心全意为人民服务的高级建设人才，并配合教学及国家建设的需要进行研究工作。”学校的具体任务有四项：

    1．进行革命的政治及思想教育，肃清封建的、买办的、法西斯主义的思想，树立正确的观点和方法，坚定为人民服务的立场。

    2．适应国家建设需要进行教学工作，培养通过基本理论并能实际运用的工程师、农业技师、教师、政法财经干部，以及语文艺术和科学工作者等。

    3．运用正确的观点和方法，研究自然科学、社会科学、哲学、文学、艺术，以期有切合实际需要的发明、著作等成就。

    4．普及科学和技术知识，传播文学艺术成果。

（三） 实行民主集中的领导体制

 1951年7月，中央人民政府教育部电示：南京大学自1951学年度第一学期起改行校长制，由潘菽任校长，孙叔平任副校长。嗣后，经校务委员会讨论通过的《南京大学暂行组织规程》第四条规定：“本大学在校长领导下实行民主集中制，即一方面由校长综揽校务，实行集中领导；另一方面对重大教学、行政问题，则采取适当方式开展民主讨论，经校务委员会通过，由校长批准实施。”

（四） 改革招生制度

为了彻底改变旧教育歧视工农、脱离实际的恶习，南京解放后，南京大学即采取切实措施，优待革命军人及工农子弟入学，并适时调整招生计划，积极为国家培养急需的建设人才。 1949年9月，校务委员会即作出了“本校招收新生及转学生宜予革命工作人员及革命军人暨其子弟以及自国统区逃出学生以特别优待”的决定。1950年12月通过的《南京大学守则》中又规定：“家境清寒者，得申请人民助学金及减免学杂费。”1949年8月的招生计划为2?000人，由于当时战火未熄，生源有限，实际入学新生为939人。1950年度的入学新生增至1200余人，在校学生达3125人。学校还先后接受有关业务部、委的委托，利用现有设备和师资，设立了林业专修科，举办了畜牧兽医、调查统计人员、治淮人员等短期培训班。1951年，又分别接受燃料工业部和西北军政委员会的委托，增设了地质专修科和气象专修科。

（五） 课程的精简与改革

改造旧教育中的一个重要组成部分是对课程设置和教学内容的调整。这项工作自1950年初开始进行。全校师生经过多次研讨，统一了思想认识，明确了课程改革的目的和方向：第一，课程改革与精简是“把封建传统和资本主义本质的旧教育改造成为新民主主义的新教育的一个必要的步骤”；第二，课程改革“是为了提高而不是降低，是为了加强而不是减弱”大学的人才培养；第三，课程改革与精简的取舍标准是课程设置的合理性，即要努力使“每一个科系组的全部课程或每一年级的课程必须具有组织性，显出重心所在”。

南京大学的课程改革大体可分为两个方面。一是从政治着眼，“把旧本质的课程改变成新本质的课程”的改革。首先废除了国民党时期设立的“党义”、“公民”、“军事训练”等课程与教材，停开了文、法学院有关系科中某些显然与新民主主义相悖的课程，增设了“民主主义论”、“社会发展史”、“政治经济学”、“中国革命问题”等马列主义理论课，作为公共必修课。二是针对以往大学教育缺乏明确培养目标，课程编制漫无原则、芜杂散乱等弊端而进行精简、调整。主要是归并某些相似或重复的课程，删汰某些“内容剥离或比重不适”的课程，加强某些份量过轻的课程，增加那些应设而未设的课程。各系科在课程改革中十分强调从整体角度衡量课程设置的合理性和科学性。例如，地质系明确了教学目标是“使学生能在四年内得到有关地质之基本理论和知识及工作、研究能力的培养和训练”后，又确定一二年级的学习重心在于“基本理论知识的奠定”，三年级的学习重心在“理论课程的综合和应用”，因而提出在二三年级学期中及暑假内均安排短期和长期的野外实习，使学生将理论和实践结合起来。农业经济基础系在课程设置中突出了“与中国的实际农经问题相结合”的方针，一年级以各种农学基础学科学习为主；二年级以“农业经济学”为重心，配合各种研究方法的学习，新设了“调查统计”等课程；三年级以各种业务的组织管理技术为重心，开设有关”农场管理“、“农业合作”、“农产贸易”的课程；四年级则以综合性的“农业政策”、“农经计划”及现实问题研究为重心，加强业务实习。航空工程系认为过去的课程太重理论而与实际脱节，且门类过多过繁，就对课程作了有计划的调整，减少了必修学分，增加了选修学分。

各院系课程精简及重新确定的种种措施，显示了这一时期南京大学教学转变的基本轨迹——从形式主义和模仿欧美的教育，转向理论与实际结合、学术与人民需要和国家建设需要结合的新型的教育。

（六） 系科的局部调整

教学改革中的又一个重要变化是改学分制为学年制，同时，对各院系所设系科进行了局部调整。法学院的边政系被取消，社会学系并入政治系。此外，先后有上海国立师专、上海市立体专、上海市立幼专等三校的300余学生并入师范学院有关系科；暨南大学地理系并入理学院地理系；安徽大学土木工程系、艺术组并入工学院和师范学院有关系科；医学院则于1951年元旦改属华东军政委员会卫生部建制，但仍保持“南京大学医学院”的名称。这样，至1952年6月，南京大学下设6个学院37个系、4个专修科，即：文学院5学系：中文、外文、俄文、历史、哲学；法学院3学系：政治、经济、法律；师范学院5学系：教育、幼稚教育、美术、音乐、体育，两个专修科：体育、地理；理学院8学系：数学、物理、化学、生物、心理、地质、地理、气象；工学院7学系：土木工程、机械工程、电机工程、航空工程、水利工程、化学工程、建筑工程；农学院 9学系：农艺、园艺、森林、畜牧、兽医、农业经济、农业工程、食品工业、土壤学系，两个专修科：畜牧兽医、林业。原有的21个研究所自1949年秋即与有关各系成为统一体，实行系所一体化领导。1951～1952学年全校共有专任教师473人（其中教授145人，副教授146人），职员324人，工勤人员583人；在校学生2859人（其中研究生10人，本科生2545人，专科生304人）。