面对林彪、“四人帮”对教育、科学事业的摧残，南京大学的广大教师和科研人员并没有屈服。他们凭着对国家和民族的高度责任感，在十分艰难的条件下，顽强地坚持开展力所能及的科研工作，并取得一定成绩。

60年代末，南京大学生物系教师就研制成功6991发光菌；天文、地理两系编出全天象星象图，化学、物理、数学三系和734厂完成样芯板容封新工艺；物理系试制成功5T221固体电路。1971年1月，由天文、气象、物理、数学等系和仪器厂联合研制的卫星云图接收机和物理系研制的双扩散型500安培可控硅又获得成功。

70年代初期，不少教师从溧阳农场回到学校。有的教师便抓紧机会，复习荒废了多年的外语，以便了解世界科技发展的新动向。白天要参加政治学习，搞运动，就晚上看书，为防蚊虫叮咬，就穿上长统胶鞋或者躲在蚊帐里学。1975年10月，数学系党总支办起了青年教师进修班，时间一年半，对象为1963年到1965年毕业的青年教师，连同华东水利学院派来的青年教师，共有学员19人。由一名老教授负责基础理论的培训，选用外文版教材，每周集中上课半天，课后布置思考题和习题。1976年“反击右倾翻案风”时，曾有人说进修班是“右倾翻案风”吹起的，但数学系的同志顶住了压力，照常办下去。通过一年多的学习，青年教师的教学、科研能力以及外文水平都有了不同程度的提高。

1972年，全校教师顶住“四人帮”的干扰，开展了40个科研项目的研究，其中分子筛、有机硅表面处理剂、小麦新品种等达到国内先进水平，分子筛被列入援外任务。当年，学校组织力量，制订了1972～1977年科学研究规划，提出了微声器件的材料研究、超导材料及超导微波器件的研制，反应堆物理设计，特种合成橡胶，催化剂合成等42项重大科研项目。同时，也对校、系、专业的发展规模、专业设置、教学工作、师资培训以及后勤保障等方面工作进行了3～5年的规划。当年全校共举办各种学术报告会、读书报告会、科普报告等共175次。

1973年全校进行了75个科研项目的研究，包括承担中央有关部委的任务12项，省科研规划的23项，结合教学进行的项目40项。其中的分子筛、激光晶体、海水提铀、针刺麻醉等15个项目都取得较大进展。1973年5月26日到6月中旬，举行了南京大学第7届科学报告会，全校11个系共报告57个项目，参加报告会的有4214人次。1974年3月，《南京大学学报》（自然科学版）恢复出版。1975年全校承担科研项目87项。1976年全校承担科研项目则增加到168项，其中90多项都完成了预定计划。

 “四人帮”反对基础理论研究。南京大学在周恩来总理有关指示的鼓舞和推动下，坚持理论研究，开展了天体物理、天体力学、数学、理论物理、中国第四纪冰期等方面的研究。其中较为突出的是，从1975年开始，天文系曲钦岳等7名教师在系主任戴文赛教授的指导下，和紫金山天文台的研究人员一起，举办了“天体物理讨论班”，坚持两周讨论一次的制度，积极从事天体物理演化规律的研究。戴文赛教授提出了自己的太阳系起源学说，在此基础上，在1976年11月提出了天王星、海王星似应有环带的看法。1977年，这一推论被国内外天文台的观测所证实。

这段时间，南京大学还结合工农业生产的需要，各个学科互相配合协作，在声学、激光、超导微波电子学、最优化方法、计算机、石油催化剂、化学催化剂、高效低毒农药、灾害性天气预报、大米草和火山岩等方面进行了大量研究，获得了一定的成果。在广大教师和科研人员的努力下，从1973年到1976年粉碎“四人帮”前夕，理科各系共取得260项科研成果。正是因为有了这些在极其困难条件下所做工作的基础，1977年南京大学获得重要科技成果达51项（其中36项经省科技大会评选）。1978年3月，在粉碎“四人帮”仅一年多就召开的全国科学大会上，南京大学有48项科技成果获奖，居全国高校之首。

文科的许多教师，也在资料缺乏、又极少资助的情况下，凭着知识分子的使命感和个人的学术责任感开展了许多研究工作。如历史系韩儒林教授和一批中青年教师，从1969年底就继续开展了对国家重大科研项目《中国历史地图集》蒙古地区部分的编绘工作，在极度困难的情况下仍然取得了许多新的研究成果，对国家的经济建设和国防建设起了积极的作用。