“九·一三”事件后，引起人们普遍的震惊与思考，开始对文化大革命产生种种怀疑。当时，周恩来曾一度主持中央日常工作，他和其他老一辈无产阶级革命家极力推动对“文革”极“左”思潮的批判，努力恢复被“文革”破坏的各项工作。这使一直陷于“文革”旋涡之中的高等教育界曾出现过一丝转机。加强基础理论教学和加强基础研究，落实党的知识分子政策，恢复高等学校正常教学秩序等问题都一度被重新提到高校工作议事日程上。

1972年5月10日至6月20日，国务院科教组召开综合大学和外语院校教育革命座谈会，会议提出要全面落实党的知识分子政策，发挥教师的业务专长，鼓励教师为革命刻苦钻研科学技术，教学中对学员要严格要求，要加强基础理论教学；理科的基础理论课宜单独设课，使学生能系统地学习，同时，基础知识面要适当宽一些，并要保证必要的教学时间。外语院校也要加强基本功训练。理科要加强理论研究，抓紧实验室、研究室的改造与建设，要重视基础科学的发展，重视科学研究人才的培养，努力开展科学研究。8月1日至8日，南京大学曾举办318人参加的教师学习班，进行传达学习。10月，又召开文、理科规划工作会议。11月，传达了周恩来总理关于加强基础研究的有关指示和讲话精神。

在周恩来主持下为纠正“左”的偏差所作的努力受到广大群众欢迎，但却触动了“四人帮”的痛处，他们打着毛主席的旗号，颠倒黑白，指鹿为马，说什么林彪路线的实质是极右，把批“左”扭转为批极右；接着又在批林整风中加进批孔，在“批林批孔批周公”下，含沙射影地攻击周恩来。南大师生对“四人帮”的这种险恶用心和倒行逆施早有察觉。当时江苏省有关主管部门曾到南京大学历史系进行批林批孔的试点，师生们却以冷漠相对，让其知难而退。后来还有一些人不顾“四人帮”的淫威，冒着被投进监狱、被杀头的危险，上书党中央及老一辈无产阶级革命家，反映“四人帮”的问题，要求为国除害，表现了高度的革命勇气和责任感。

1974年，南大在批林批孔运动中开始揭发、批判、清查“五·一六”运动搞逼供信和扩大化的严重错误。3月，江苏省委派原中共常州市委第一书记章德任中共南京大学党委第一副书记兼校革委会副主任，充实学校领导力量。（11月27日正式下文，同时还任命何平、徐福基为校党委常委兼校革委会副主任，童洪江为校革委会副主任）年底，又派以周特夫（省文教局负责人）为首的省委调查组进驻南大，帮助开展批林批乱运动，分清路线是非，落实政策，搞好团结。终于在1975年4月召开了关于“五·一六”问题的平反大会，对218人的问题公开宣布平反（由于历史原因，当时的平反还不够彻底）。

1975年2月，因周恩来重病住院治疗，刚恢复工作不久的邓小平主持中央日常工作，针对八年文化大革命所造成的破坏和混乱，他提出要全面贯彻毛泽东关于要反修防修、要安定团结和要把国民经济搞上去的三项指示，进行全面整顿。章德等同志在南京大学努力贯彻邓小平的治理整顿方针，顶住种种压力开展了“一学”（学习无产阶级专政理论）“三批”（批资本主义倾向、批资产阶级派性、批资产阶级法权思想）“五大讲”（讲路线、讲大局、讲党性、讲纪律、讲团结）的活动，着重批资产阶级派性，使学校正气大张。

1975年底，原贵州省委第一书记周林调来南大，接替了王勇所担任的党委书记兼革委会主任职务。

1976年，是黎明与黑暗大决战的一年。年初，“四人帮”掀起的所谓“批邓”及“反击右倾翻案风”的运动正值高潮，阴霾笼罩着大地。1月8日，周恩来总理逝世。噩耗传来，全校师生陷入无限悲痛之中。“四人帮”下令不准戴黑纱白花，不准送花圈。但是，师生们冲破禁令，都戴上了黑纱白花，并纷纷到梅园新村中共代表团纪念馆吊唁。1月13日，师生们自发地在大操场举行了隆重的悼念仪式。设置在主席台周恩来灵堂的两旁悬挂着这样一幅挽联：“晴天霹雳，泪洒长空，举国同悲擎天柱；革命终身，丰功伟绩，光辉永照后来人。”悼念仪式自始至终在肃穆、悲愤的气氛中进行。师生们哀悼周总理，更加痛恨“四人帮”。

1976年3月5日，《文汇报》在刊载新华社的一篇新闻稿时，全部删掉周恩来关于学习雷锋的题词。3月25日，《文汇报》在一篇题为《走资派还在走，我们就要同他斗》的报道中写道：“孔老二兴灭国，继绝世，举逸民，党内那个走资派要把被打倒的至今不肯改悔的走资派扶上台。”公然把周恩来打成走资派。这两篇文章激起了人们对“四人帮”的极大的反感和愤怒。

3月25日，南京大学历史系三年级70余人，臂佩黑纱，抬着自己制作的花圈，冲破“四人帮”的禁令，到被停止对外开放的梅园新村进行悼念周总理的活动。3月28日，全校400多名师生在数学系青年教师、系团总支书记李西宁，计算机专业一年级党支部书记秦峰等同志的带领下，抬着周恩来的巨幅画像和大花圈，绕道新街口、大行宫前往梅园新村，沿途交通警察大开绿灯，车辆让开道路。许多人自发地加入悼念队伍，无数群众肃立街道两旁表示支持。这是南京人民反对“四人帮”的第一次示威活动。

3月29日起，南大校园燃起了反对“四人帮”的熊熊烈火。数学系的师生在南园刷出了“警惕个人野心家、阴谋家篡夺党和国家的最高领导权”、“无数革命先烈和革命老前辈用鲜血打下来的红色江山我们也要用鲜血来捍卫”等大标语。一时间校园内矛头针对“四人帮”的大字报和标语越贴越多，观看者川流不息。

与此同时，许多学生冲出校门走上街头，在鼓楼、新街口等闹市区以及车站码头张贴、书写标语：“《文汇报》的反党文章是篡党夺权的信号弹”，“不揪出《文汇报》的黑后台誓不罢休”，“打倒大野心家、大阴谋家——张春桥”。他们的行动得到南京市民及其他大专院校的响应。数学、地质、化学系的学生还在车站工人的支持下，把标语刷到了列车上，当得知列车开出后标语就被冲刷的消息，同学们便联合其他高校的学生用车站职工提供的小氯松油漆、沥青写标语，让南来北往的列车带着这些难以冲刷掉的标语，将南京大学和南京市人民对“四人帮”的谴责和批判传向四方。

3月30日，“四人帮”在得知南京的情况后就叫嚣，“南京事件的性质是对着中央的”，“那些大字报是为反革命复辟制造舆论”。4月1日，中央政治局召开会议，讨论南京和各地出现的悼念活动问题。当天，中共中央向各地发出关于“南京事件”的通知，其中指出：“最近几天，南京出现了矛头指向中央领导同志的大字报、大标语，这是分裂以毛主席为首的党中央，扭转批邓大方向的政治事件。”要求立即采取措施全部覆盖，并提出要追查事件的“幕后策划人”和“谣言制造者”，妄图压制广大群众的革命行动。

紧接着，“四人帮”及其在江苏的代理人加紧在南京大学追查“南京事件”的参与者和“幕后策划人”，学校气氛十分紧张。成百人被打成“有牵连”的人，一批干部被打成“反革命”，不少校系负责同志被打成“幕后策划者”，李西宁、秦峰、康育义等被捕入狱。党委副书记章德被认为有“幕后策划者”的嫌疑而受到审查。

在这场“南京事件”中，南京大学和其他高校师生反对“四人帮”的行动得到广大市民、工人等社会各界的支持和赞扬，形成了声势浩大的群众运动，在全国产生了极为广泛的影响。

“南京事件”后几天，便发生了“四五运动”即“天安门事件”。作为北京“四五运动”的先导，“南京事件”首先敲响了“四人帮”的丧钟。南京大学革命师生在“南京事件”中所表现出来的英雄气概以及为埋葬“四人帮”所作出的贡献，也在南京大学史册上留下了光辉的篇章。

“天安门事件”发生后，尽管“四人帮”一伙更加猖狂地推进“批邓”运动，但在南京大学，师生们都以冷眼相看给予抵制。而“于无声处听惊雷”，几个月后，9月9日，毛泽东逝世。10月6日，中央政治局顺应民心，采取断然措施，一举粉碎“四人帮”，结束了十年文化大革命的灾难，南京大学也再获新生。