(一) 新老交替，蒋树声出任校长

1997年4月1日，国家教委任命蒋树声为南京大学校长，免去曲钦岳南大校长的职务和陈懿的南大代理校长的职务。4月10日，国家教委党组成员、副主任韦钰在全校干部大会上宣读任命通知，并高度评价曲钦岳、陈懿多年来在校领导岗位上励精图治、兢兢业业、无私奉献的精神，高度评价他们所取得的显著的治校政绩，以及对全国高等教育改革与发展作出的重要贡献。她还表示，国家教委相信蒋树声“一定能不负众望，把南京大学新一任校长的重任担起来，把学校的各项事业推上一个新台阶”。

蒋树声，江苏无锡人，1940年4月生。1963年毕业于南大物理系并留校任教。研究领域为：X射线衍射和同步辐射应用，晶体和薄膜材料的微结构、缺陷和相变，金属多层膜的制备，微结构和物理性能。曾作为访问教授，先后在英国、澳大利亚、意大利进行合作研究五年多。曾获江苏省科技进步一等奖、国家自然科学三等奖等。先后任固体微结构物理国家重点实验室副主任、物理系主任，1996年出任南大副校长。

蒋树声校长表示：“在郑重接受这一任命的时候，我本人清醒地意识到，挑上这付重担意味着什么。”他说，要把南大建设成世界高水平大学，“我们任重而道远，我们的工作是逆水行舟，不进则退，唯一的办法是和大家一起，同舟共济，奋力拼搏。”

7月22日，国家教委任命谢立、洪银兴、许敖敖、陈骏、施建军、徐世良为副校长，学校还任命沈健、张异宾、闵铁军担任校长助理。至此，学校行政领导顺利实现换届。

（二） 第七次党代会召开，产生新一届委员会

1997年11月21日至22日，中共南京大学第七次党代会隆重举行，会议确立了南大今后的奋斗目标，选举产生了新一届校党委和纪委的领导集体。韩星臣连任党委书记，郭广银、沈健为副书记。纪委书记为王雪之。1998年8月又增补闵春发为党委副书记。

韩星臣书记代表新一届党委发言：“今后四年，是我们抓住机遇，迎接挑战的四年；是我们迎接百年校庆的四年；是我们完成学校‘九五’计划，为实现‘211工程’规划奠定基础的关键性四年。”他相信在新一届党委的领导下，党政团结，深化改革，加快发展，同心同德，艰苦创业，“一定能将一个更加充满生机和活力的南京大学带入21世纪。”

(三) 增强办学活力，成立南京大学董事会

南大在历史上曾设立董事会。那是1921年郭秉文校长借鉴欧美著名大学设立董事会，以争取社会赞助、支持学校发展的经验，呈请教育部核准，由2位名誉校董和17位校董组成了“东南大学董事会”。事隔70余年，在隆重庆祝建校95周年之际，南京大学董事会在1997年5月宣告成立。这是在新形势下为进一步增强办学活力，拓宽办学渠道而采取的重大举措。

南京大学董事会由社会知名人士、著名学者、企业家、国内外捐助南大的组织和代表或个人，校友代表和南大代表86人组成。全国人大常务会副委员长吴阶平，全国政协副主席钱伟长、丁光训、万马祺、朱光亚，海协会会长汪道涵，江苏省委书记陈焕友，省人大副主任曲钦岳院士，美国圣迭哥大学荣誉教授冯元祯，南顺香港集团总裁钱果丰，香港信兴集团主席蒙民伟应邀担任名誉董事长。梁保华、王武龙、王霞林等省市领导和国内及港台地区的实业家多人出任南京大学名誉董事。校长蒋树声教授任董事长。江苏省副省长王珉、国家自然科学基金会副主任孙枢院士为副董事长。校董事会是学校与社会各界建立稳定、全面、紧密合作关系的桥梁和纽带。作为对学校建设和发展提供咨询和建议的机构，它采取多种形式，联系国内外各界力量，支持和促进学校事业的发展，为改善办学条件，提高办学水平和办学效益，把南京大学办成具有重要国际影响的教学、科研中心作出贡献。2001年5月，学校董事会换届改选，新增民盟中央名誉主席费孝通、中共江苏省委书记回良玉、台湾李国鼎基金会主席李国鼎为名誉董事长，至2001年12月，共有校董计141位。