受“五四”运动的影响，从1922年到1926年，在中国爆发了一场基督教运动及由此而引发的收回教育权运动，使在华基督教势力受到严重挑战，迫使教会学校在大发展以后进入了改革时期。金大的历史也从此揭开了新的一页。

发生非基督教运动有其政治与思想方面的原因。经过“五四”反帝反封建斗争的洗礼，中国人民进一步觉醒，认识到只有将帝国主义及其帮凶赶出中国，国家才有独立和富强的希望。同时，自辛亥革命以来，西方的科学文化思想传入中国，冲击了中国旧有思想、理论和制度，并影响到对中国整个文化的估计，其中包括对宗教的再认识。当时“少年中国学会”创办的《少年中国》出版了《宗教问题专号》，集中火力抨击宗教。《新青年》也就宗教问题展开讨论，结论是新的中国不需要任何宗教。在这个时期，西方也正在开展对宗教的批判。当时在中国作巡讲演的美国学者杜威和英国学者罗素，都对宗教持否定态度。而将这场对宗教的批判引发为非基督教运动的直接原因是教会无视中国人民的反帝反教情绪，鼓吹成立“世界基督教学生运动”，并决定1922年4月22日在北京清华学校召开世界基督教学生同盟大会第11届年会。消息传出后，首先引起清华学校非教徒学生的反对。中国社会主义青年团针对基督教的挑战，组织非基督教学生同盟，并于3月9日发表了“非基督教学生同盟宣言”。该宣言指出，“世界基督教学生同盟为现代基督教及基督教会的产物”。这一宣言得到了全国的支持。上海、广州等地纷纷通电声援清华学生。于是一场对宗教的批判便发展为反对基督教的运动。随之各地发生了捕捉牧师、游行示众、占领教会机关、停办教会学校的事件。

1923年，基督教会出了一本名为《基督教育在中国》的书。该书针对当前基督教育在中国面临的情况，提出了所谓改革基督教育的措施。这些措施概括成一句口号，即“教会教育必须更有效率、更加基督化、更加中国化”。书中还说：“现在是加强在华教会学校的时机，以便将来毕业于教会学校的男男女女，会把中国建设成一个基督化的国家。”（［美国］杰西格·卢茨：《中国教会大学史》第211页。）这些话，激怒了中国人民，认为这是对中国主权的更大威胁与挑战。首先起来发难的是《中华教育界》杂志，发表了一篇题为《教会教育问题》的文章，率先提出“收回教育权”的口号，得到社会各界的响应。著名教育家蔡元培在这期间先后在《新青年》及《新教育》杂志发表了《以美育代替宗教》、《教育独立议》等文章，发生广泛影响。1924年4月，广州圣三一中学（教会学校）学生发表宣言，要求收回教育权，与校方发生冲突，于是学校关闭，一些学生被开除，学生进行了抗议斗争，要求政府接管学校，把外国人驱逐出境。全国重要城市为此纷纷举行游行示威、罢课等抗议活动。《中国青年》、《觉悟》等杂志也发表大量文章表示声援。廖仲凯在广州接见学生，发表讲话，鼓励学生的斗争精神。各教育团体采取会议决议和发表文章的方式向政府施加压力，要求政府颁布政策法令，收回教育权，制订出教会学校立案注册条例。总之当时无论何种党派团体几乎都认为教育权应当收回。中华基督教教育协会会长刘廷芳及基督教教徒中一些先觉者也承认“凡是中国国民不能否认收回教育权的合理性”。但是，也有人认为现在收回教育权固然很好，却是不现实的。中国没有能力来接办这些学校。

鉴于收回教育权运动的汹涌澎湃，广州国民政府于1925年11月发表公告第16号，规定了认可教会学校的6条办法。但一经公布遭到教育界非议，认为办法过宽。1926年，国民政府教育行政委员会会议又通过私立学校规程和私立学校立案规程。这些办法、规程归纳起来，要点有三：

第一，教会学校必须向政府立案，取得合法地位，学校行政权操于中国人之手，由中国人当校长，学校所设董事会中国董事的名额须过半数，在行政上须接受中国政府的监督与指导；

第二，学校不得以传播宗教为宗旨，须按照部定课程标准办理，不得设宗教系，不得以宗教课目列为必修科目，宗教仪式不得强迫学生参加；

第三，学校的设立与停办须经教育机关核准，购置地产须用学校名义，经所在省市政府批准。学校停办，其财产须由政府派员会同办理。

此时，教会处于几面夹攻之中，不得不认真对待以应付局面。许多教会学校开始酝酿担任学校行政领导工作的人选。当时，教会对由中国人管理学校固然不高兴，但最不能接受的还是“不得以传播宗教为宗旨”这一条。认为这有悖于教会学校的初衷，不符合信仰自由的规定，说什么“学生报考教会学校时就知道要上宗教课的，不能说是强迫”。甚至有些中国教徒也对此有疑义，认为“是否与人民信仰自由的国法相违背”，“政府应顾及宗教的特殊功用”等。为此，教会要求政府修改这一规定，而迟迟不办理注册立案手续。后来随着形势的发展，教会内部识时务者愈来愈多，认识到注册立案已是大势所趋，表示愿意接受。于是教会学校才陆续开始了同北京政府或广州政府的谈判。

在这场迁延近五年之久的非基督教运动和收回教育权运动中，南京基督教的遭遇虽比之处在风暴中心的城市要好些，但也受到一定打击。尤其被称为南京“四大金刚”的金陵大学、金陵女子大学、金陵神学院、金陵女子神学院首当其冲。在这一时期中，金大的基督徒胆颤心惊，祈祷会等宗教活动不得不偷偷在凌晨或黑夜进行，参加礼拜的人数愈来愈少，不及过去的十分之一。出刊了十几年的《金陵光》从13卷1期（1923年）起，便不再刊登宗教活动的消息和论述宗教的文章。1927年3月北伐军攻占南京时，在宁的外侨住宅遭到抢劫，金大有五幢住宅被烧毁，文怀恩副校长在住宅遭劫时，被流弹打中殒命。（编者按：据查，抢劫作案者系北洋军阀之溃兵）校内及鼓楼医院均驻军。西籍教职员仓惶逃离回国，学生也离校返家，全校仅留一百人左右，学校停课。同年7月，金大一部分基督徒参加了在金女大召开的南京青年基督教退修会，会上正式成立了“南京基督徒团契”。所谓团契，是燕大教授刘廷芳博士翻译英语“Fellowship”一词而来的，这一词的来源已有二千年历史。在基督教历史上产生过不少团契，有公开的，有秘密的，秘密团契一般是在基督教遭受打击时组织的。当时南京的基督徒团契也是在秘密状态下活动的，无一定的形式和地点，或纯粹灵修，或开会讨论，地点选择在偏僻山林、寺庙、湖畔等处。后来时局转为平稳，驻军也退出学校后，便由各校自行组织小团契活动。金陵大学于1928年成立团契，虽仍未公开，但宗教活动逐渐从受挫中恢复过来，采取新的方式开展活动，基督徒的数目也逐步上升。据1935年统计，基督徒学生达到174名，约为全体学生的三分之一，基督徒教员也超过半数，达到130多名。该团契直到1942年才公开。

在金大工作的美国传教士属于比较开明的教派。在时局动荡时，校长包文即表示外国人当中国大学的校长已不合时宜，主动提出辞职请求。他指定四位中国教师：过探先（农林科科长）、陈裕光（文理科科长）、刘国钧（图书馆馆长）、刘靖夫（附中校长）组成一临时委员会，应付时局变动。后来该委员会又补充了五名成员，组成九人委员会，并推举过探先为临时负责人，主持学校工作。1927年4月14日金大理事会召开第23次会议，包文以“老病告退”，正式选举过探先、陈裕光、刘国钧、陈中凡、陈嵘、李德毅、李汉生等七位教授组成校务委员会，过探先为该委员会主席。负责管理金大。该委员会在时局变动时，在维持学校工作中发挥了不少作用。

过探先，江苏无锡人，1986年生，24岁时入南洋大学，旋即赴美，先后在威斯康辛大学和康奈尔大学专习农学。归国后，任江苏省立第一农业学校校长，并负责筹备省区第一林场（即今中山陵园）。1921年，任东南大学教授。1924年，改任金陵大学农林科科长。1927年被推为金陵大学校务委员会主席。1929年逝世，年仅43岁，是我国著名的农业科学家。（谢家声：《过探先传略》，《金陵大学史料集》第35页。）

金大附中及鼓楼医院也各自成立校(院)务委员会，分别筹备立案事宜。