为了适应新中国建设的需要，并以苏联的教育模式改革高等教育，1952年，开始了“以华北、华东区为重点的全国高等学校院系大调整”。在这次“以培养工业专门人才和师资为重点，发展专门学校，整顿和加强综合大学为方针”的调整中，金陵大学与南京大学合并。自此，金陵大学的校名就不再使用了。从建立公立金陵大学到院系调整与南京大学合并，仅隔一年。

按照南京大学与金陵大学合并调整方案，金陵大学文理学院与南京大学文理学院的相同系科合并，建成一所新型的文理科综合大学，设中文、俄语、西语、历史、地理、地质、生物、气象、心理、数学、天文、物理、化学等13个系，仍名南京大学。由原南京大学校长潘菽任校长，原南京市文教局长孙叔平、原金陵大学校务委员会主任李方训任副校长。鉴于金大实验室较大，设备也较齐全，设置综合性大学，进行扩建改装所需费用较少，而原南京大学有实习工厂，设置工学院比较适宜，决定将南京大学迁至金陵大学原址。1952年9月，南京大学即在金陵大学原址开学。

金陵大学理学院的电机、化工两系与南大工学院合并，成立南京工学院，设于四牌楼南京大学原址；金大农学院与南大农学院合并，建成南京农学院，设于丁家桥南大农学院院址；金大农场、果园归南京农学院所有，而林场随森林系划归华东林学院（后改名南京林学院）；金大文理学院的其他系科：音乐、体育、教育等则并入南京师范学院。该院院长为原南大师范学院院长陈鹤琴，副院长为原金大校委会副主任吴贻芳。除此，金大还有一些系科则调整至复旦大学、中央音乐学院上海分院以及北京电影学校等。

金大的图书除有关工程、农林、教育、音乐、体育、美术以及其他复本拨归工学院、农学院、师范学院外，都归南京大学。

金大师生随系科调至有关院校。金大文理两院留南大任教的教授有：陈中凡、王绳祖、陈恭禄、柯象峰、陈纳逊、叶南薰、周伯埙、余光烺、吴汝麟、戴安邦、李方训、裘家奎、李小缘、吴祯等人。金大学生调至各校的人数为：南京大学158人，南京工学院148人，南京农学院192人，华东林学院36人，浙江农学院38人，复旦大学36人，南京师范学院50人，中央音乐学院上海分院15人，北京电影学校3人。

从1952年9月起，原金陵大学的师生便分别在各有关院校中开始了新的历程。

百年树人，桃李芬芳。金陵大学自创办至院系调整，培养了大批人才。根据现存学生历年成绩记录表的统计，金大在64年办学中，招收学生总数为11196人，毕业学生为4475人，其中本科生3170人，专科生1206人，研究生79人，医预科生26人。如按院分，文学院1173人，理学院1074人，农学院2228人。金大毕业生大都品学兼优，受到社会各方面的欢迎。无论高等学府、科学界、金融界、实业界以及政府机关，都有金大校友跻身其间。各个时期都涌现了一批出类拨萃之士。时至今日，金大仍有许多校友分布在海内外，他们在各个领域发挥所长，为人类社会贡献力量，有突出成就者不乏其人。在国内，中国科学院的历届学部委员中，金大校友就占有27位（其中属金大的毕业生有19位）。单就农业人才而言，1985年出版的《中国现代农学家传》一书所列54位农学家中，有18位是金大农学院的毕业生。同时，在长期的革命斗争实践中，也锻炼成长了一批革命志士。建国后担任中央有关部门、省市及高等学校领导职务的金大毕业生为数亦不少。他们均以出色的成绩为金陵大学的历史继续谱写着光辉篇章。

今天，历史的车轮已推进到21世纪。由于科学技术异乎寻常的发展，国与国之间的时空差距大大缩蹋始湓谡巍⒕谩⑽幕系慕涣骺涨懊芮小Ｖ泄缘车氖唤烊腥?会以来，在改革开放的大旗下，已经大踏步地走向世界。面对这种潮流和趋势，有必要回过头来，以历史唯物主义的观点，全面认识19世纪中期以来曾对沟通中西文化起过重要作用的教会大学。金陵大学的创立和发展过程，在中国的教会大学中具有代表性。透过金陵大学的历史，可以使我们窥一斑而见全豹。