1945年8月，日本无条件投降，汪伪政府也随之垮台。重庆国民政府教育部于同年9月下旬下令解散南京中央大学。同时，颁布《伪专科以上学校学生、毕业生甄审办法》，该办法规定：在收复区（即沦陷区）专科以上学校包括已经毕业及尚在校学习之学生，必须通过甄审，始承认其学籍。（《第二次中国教育年鉴·高等教育》，商务印书馆1948年，总第571页。）10月中旬，在北平、天津、上海、南京四地设立临时大学补习班，令在校学生通过补习，进行甄别考试；已毕业学生须补交学科论文及蒋介石《中国之命运》阅读心得报告各一篇，经审查合格，由教育部颁发《审查合格证书》。

这一办法公布后，学生们认为是对沦陷区学生的歧视，为此进行了反甄审斗争。南京专科以上学校组织了游行集会和请愿等活动，提出“学校无伪”、“学术无伪”、“学生无伪”的口号，反对歧视，反对甄审。认为学校不同于政府，不能把当时沦陷区的学校称作“伪学校”，更不能把学生称作“伪学生”。如有所谓“伪学校”，岂不也要有“伪医院”、“伪工厂”、“伪商店”吗？这显然是不恰当的。由于学生们的强烈反对，当局作了某些改动，取消了甄别考试，改由学生自己按原来年级程序，选择相应的院系到临时大学就读，并将“南京临时大学补习班”名称去掉“补习班”三个字，改为南京临时大学。

南京临时大学设在金陵大学内。南京中央大学的文、法商、教育、理工学院一、二年级，农学院及医学院学生按原在班级，分配到南京临时大学各院系学习。理工学院三、四年级学生，以南京师资不足为由，分配到上海临时大学，在交通大学学习。医学院高年级与上海东南医学院高年级合并，在军政部第一临时医院（南京四牌楼中央大学校址）上课。

1946年6月，临时大学撤销，应届毕业生修业期满者，发给毕业证书，并授予学士学位。南京临时大学未毕业的学生则按其所学院系与地区，分配到中央大学、安徽大学、交通大学、江苏医学院等校继续学习。在上海临时大学未毕业的南京中央大学学生，土木系和机电系学生大都留在交通大学，少数转入中央大学；化工系学生则分散到浙江大学、交通大学和中央大学。这样，由临时大学分发到中央大学的南京中大各院系的学生，就成为复员后中央大学的一个组成部分。