院系调整后南京大学的对外学术交流也逐步有所发展。限于当时的国际政治环境，学术交流的对象国主要是苏联以及东欧、亚洲的人民民主国家，其中与苏联的交往最为密切。自1953年起，南京大学就开始在一年级大学生中选拔留苏预备生，并陆续选派青年教师和大学生去苏联进修、留学。苏联的一些专家教授，先后来南大参观访问，或者作学术报告，其中有莫斯科大学校长彼得罗夫斯基院士，有当时分别担任我国国务院副总顾问和高教部首席顾问的苏联专家马里采夫和列别捷夫等。1956年9月，高教部聘请苏联动力地质学家彼得·米·麦尔库洛夫为南京大学校长顾问，另有苏联专家先后到物理系、数天系担任教学科研工作。为适应这一新形势，学校专门成立了外国专家工作室，由教务处处长杨世杰兼任主任。

在此期间先后来南大访问的，还有波兰、捷克斯洛伐克和民主德国的文化代表团，世界和平理事会副主席、英国教授贝尔纳，民主德国文学史家甘托洛威茨教授，突尼斯代表团，日本和平代表团，亚洲国家在华留学生访问团等。南京大学的教授、学生代表也开始出国访问或出席国际学术会议，其中有1955年10月，数天系教授戴文赛赴日内瓦参加国际天文协会第九届大会；1955年12月，地理系52级学生王颖赴印度参加国际地理学科会议；1956年9月，外文系系主任商承祖教授受高教部委派，赴柏林参加民主德国国庆典礼；10月，物理系副教授程开甲作为中国高等教育代表团成员赴苏联进行专业考察；11月，历史系系主任韩儒林教授前往蒙古参加中、苏、蒙三国关于合作编写蒙古史的工作会议等。虽然当时这些人员互访和学术交流的规模与范围在今天看来都还相当有限，但是，却为学校的建设及学科的发展提供了有益的信息，同时也显示了南京大学参与国际学术交流与教育合作的强烈愿望与潜在能力。

1955年9月，有5名越南留学生来南大气象系学习，这是南京大学接受的首批外国留学生。同年10月5日，南京大学与民主德国卡尔·马克思大学建立校际联系，这是南京大学首次与外国高等院校建立正式的校际关系。这两个"首次"，使南京大学对外学术交流走上新的起点。