1927年7月，国民政府正式宣告成立。10月，采用法国大学区制，设立大学院作为全国最高学术和教育行政机关。大学院公布了私立学校立案的具体办法。于是，金大加快了立案工作的步伐。同年11月10日，金大理事会在上海开会，讨论校长人选。文理科科长陈裕光博士众望所归，认为“他出身金大，与金大渊源较深，学识经验均受人钦佩，对教会情况也比较了解”。一致公推陈裕光为金大校长。新校长选举产生后，金大学生自治会当即发表宣言，庆贺收回教育权。学校举行了新校长就职仪式。1928年3月，美国托事部打来贺电，表示认可。于是陈裕光就任金大第一任中国校长。他也是国内任教会大学校长的第一位中国人。

陈裕光，字景唐，1893年生，祖籍浙江宁波，基督徒家庭。1915年毕业于金陵大学。1916年赴美国留学，1917年获哥伦比亚大学化学硕士学位。1922年获博士学位。同年，他怀着“教育救国”的抱负返回祖国。受到当时教育总长范源濂先生的器重，就聘于北京师范大学，历任物化系主任兼教务长、学校评议会主席及代理校长等职。他热心科学事业，是中国化学会发起人之一（后来被选为中国化学会第一任会长，并连任四届）。有机会与蔡元培、范源濂、马叙伦、陶行知等知名教育家交往，颇受教育界重视。1925年秋回金大执教，1926年任文理科科长，1927年就任金大校长。

陈裕光校长努力维护民族尊严与教育主权。他一上任就宣布“立案之事，当刻不容缓”。在他的积极筹划下，原金大理事会即改组为创设人会，另成立校董会作为学校最高权力机构，制订新的校董会章程。1928年5月，金大即向大学院呈报立案申请书。同年8月6日，大学院核准金大校董会的设立，同时批准其立案。接着大学院派员到金大实地调查学校概况。是年9月20日，大学院以668号训令，批准金陵大学立案。（《金陵周刊》18期，1928年10月15日。）金大成为国民政府奠都南京后最先呈请立案并获批准的教会大学。继金陵大学之后，其他教会大学也陆续向政府立案，金大起了推动作用。

经大学院核准的金大校董会章程提出如下办学宗旨：“校董会在南京设立的这所由基督教教会主办的，信仰完全自由的私立高等学校，旨在按最高教育效率来促进社会福利事业，提高公民的崇高理想，培养高尚人格和服务社会的能力，以期按本校的基督精神造就人才。”为了实现这一宗旨，章程规定：“校董会有权批准学校系科及课程设置；选举校长、司库，及任命各级行政管理人员及教学人员；决定除由创设人会支付工资人员外的其他教职工的工资待遇；提供必要的校舍和教学设备；根据学校的财政预算决定学费的数额及学费使用计划以及负有为学校提供足够数额的师资、办学经费和执行有利于提高学校管理效率的其他职责。”可见，立案后的金大，其办学宗旨虽不提以传教为目的但仍保持了教会学校的特征。

经大学院批准的金大校董会由30人组成，其中中国基督教教会代表11人，外国布道使团代表8人，校友会代表4人，增补公推校董5人，金大校长及校长的外籍助理为当然董事。这样，中国董事在校董会成员中约占2／3。校董会主席为吴东初。

金大立案后，陈裕光校长不遗余力地继续推进校务的改革。打破金大原来只招男生的惯例，招收少数女生入学。1928年秋季学期入学女生有20人。自此金大实行男女同校。这时，因1927年时局变动时西籍教职员离校未归，使教学工作受到影响，学校便陆续聘请了一批中国教师，其中有些是刚从国外归来的留学生。如物理学教授魏学仁、动物学教授陈纳逊就是那时来金大的归国留学生。一时金大教师队伍中的中国教师比重上升；同时，在一年前，金大仅在科一级中有中方负责人，其余职务几乎全为外国人包揽。立案后，各系主任及各级行政管理职务也逐步改由中国人担任。宗教方面的改革，遇到了来自教会方面的阻力，尤其对取消宗教系，抵制很大，由于陈裕光从中斡旋和师生对改革的支持，最终也还是完成了这方面的改革，停办了宗教系。宗教课程由必修改为选修，宗教仪式改为自由参加。这在教会大学中开了风气之先。

由于教会学校立案在当时被看成为收回教育权的标志。因此，金陵大学在1928年秋季学期开始时，学生数增加到583人，其中本科生459人，研究生7人，专修科117人。比1927年秋季学期增加70人，超过历史上最高学生数。