1949年4月23日，人民解放军占领南京。在阴霾积压下的金陵大学从此获得新生。全校师生沉浸在狂欢之中。

建国初期，人民共和国处在经济的整顿恢复和社会民主改革的时期，党对教育工作相应地提出了“有步骤地进行旧有教育事业的整顿和改革，争取一切爱国知识分子为人民服务的方针”。根据这一方针，金大在建国初期从行政机构、课程设置到教学工作进行了一系列整顿和改革工作，以使金大这个为外国教会势力和国民党长期占领的阵地转移到为新民主主义服务的轨道上来。

在行政机构的调整整顿方面：南京一解放，金大就立即改组校务委员会和学生会；解散学校国民党和三青团组织，停止他们公开和秘密的活动；撤销训导处，废除训导制度。

1949年11月，中共金大地下组织公开活动。这时，党员有32名，团员有36名。在公开前，党支部进行了改选，由陆庆良、冯世昌、许复宁、费旭和王毅刚组成新的支委会。陆庆良任支部书记。党支部在学校的整顿和改革中发挥了重要作用。

1950年2月，金大改属华东军政委员会教育部直接领导。从这时起，实行校务委员会负责制，教授会、讲助会、职工会及学生会通过民主选举方式，产生代表19人组成校委会，陈裕光任主任委员。职工和学生以主人身份参与决策学校大事，这在金大历史上是第一次。当时教会对“学生有权参加预算之决策，而资助者无权指定专款专用”表示不满，但也无可奈何。同年8月，政务院颁布《高等学校暂行规程》、《私立学校暂行管理办法》等法令，大学改行校长负责制，并规定校长的职权。私立学校校长由校董会任命，学校行政部门的负责人由校长任命。校务委员会在校长领导下成为学校咨询机构。金大校委会改由校长、教务长、总务长、三院院长、图书馆长及各系（科）主任（以上为当然委员）及工会代表6人和学生代表2人（共41人）组成。校长为当然主席。与此同时，陈裕光校长任命樊庆笙为教务长，戈福鼎为总务长，王绳祖为文学院院长，李方训为理学院院长，靳自重为农学院院长，李小缘为图书馆长兼中国文化研究所所长。学校行政机构也略作调整，取消总务处，改设秘书处，并增设学生生活辅导委员会。暑假，成立金陵大学工会，取消原教授会、讲助会和职工会。10月，金大校委会正式成立。之后，按照《私立学校暂行管理办法》关于教会学校必须重新向政府申请立案的规定，金大改组校董会，由23人组成，洪章（金大和江苏政法大学教授、南京基督教卫理公会理事）暂任校董会主席。接着便办理立案事宜。

1950年10月，因陈校长参加华东人民革命大学政治研究院学习，由李方训代理校务。次年3月，陈校长学习结束返校。他感到自己在位时日过长，年事已高，精力不敷，不宜再担任领导职务，向校董会提出辞呈。校董会于1951年3月3日举行常委会，批准陈校长辞呈。同时，充分肯定他在长校金大期间的业绩，一致认为“陈校长在本校苦心孤诣”二十余年，曾经若干次危难局面，不但从未气馁，而且竭力扩张内部。如文理、工农若干学系之添置，使理论与实际得到结合等等。抗战军兴，迁校成都，胜利后，领导复员，节节困难，均能奋力克服，本校所以有今日之发展，实陈校长领导有方所致。”陈裕光校长辞职后，定居上海，担任上海轻工业研究所化学顾问，继续为新中国化学工业的发展作出贡献。

校董会常委会同时作出决议，拥护华东军政委员会教育部的指示，赞成李方训任金大校长。（《李方训传略》，见《金陵大学史料集》第73页。）李方训是一位杰出的物理化学家。江苏仪征人，1902年生，1921年入金大化学系，毕业后留校工作。1928年赴美留学，1930年获美国西北大学博士学位。他怀着“科学救国”的抱负，放弃了国外的优厚待遇和良好的工作条件。返回祖国，献身于母校教育事业。他曾先后担任金大理学院的副院长和院长等职。

至此，金大领导机构的调整便告结束。

在系科、课程及教学工作的调整改革方面：按照新民主主义教育“以提高人民文化水平，培养国家建设人才，肃清封建的、买办的、法西斯主义的思想，发展为人民服务的思想为主要任务”的要求，金大在保持原来规模的基础上，局部调整系科设置，文学院将政治经济学系改设为经济系（暂时保留政治学组），将哲学心理教育系分设为哲学系与教育系，将社会福利行政组扩建为社会福利行政系；农学院农艺系附设之农业工程组扩建为农业工程系，并于1950年10月，增设林业专修科。

关于课程的改革，取消与新民主主义精神相违背的课程，设新民主主义论、辩证唯物论与历史唯物论、政治经济学等课程，并列为全校学生的必修课程。1950年2月，学校成立政治教学委员会，由校长、教务长、三院院长及政治主讲教师组成，聘请纵翰民任主任委员，加强对全校政治教学的领导。在同年春季开学时，全校停课一个月集中学习“社会发展史”，以后便转入每周一次的时事政治学习。业务课程的改革按国家建设需要及精简原则，不必要的取消，重复或相似的加以合并。除政治课而外，其余的全校公共必修课，规定由各院自订，不作硬性规定，而院则下放到系，由系自订。这样实际上过去设置的看上去似乎与专业无关的大量必修课程就取消了。其结果是学生的知识面变得“狭而深”，事实证明这并不利于人才的成长。英语原来是教会大学的一门重头课，改革后，规定新生英文成绩特优者，得免修该课。全校开设了初高级俄语课程，以适应学习苏联的需要。宗教课程虽仍列为选修课程，但选修人数日益减少。同时，全校主修人文科学及社会科学的人数也呈下降趋势。

在教学工作方面，建国初期，继续实行学分制，学分数比过去有所减少。1950年春季开学时，规定学生每学期修读20学分为最高限度。以后随着课程的精简又略有减少。从1951学年第一学期起，即改学分制为学年制。先在一年级新生中施行，二年级以实行学分制为原则，三四年级仍维持学分制。要求在二三年内，学年制全部取代学分制。通过学制和课程等方面的改革，教会学校在教学上的某些特点渐趋消失。

随着社会和学校民主改革的进行，金大校园充满生机，师生对解放所带来的每一个变化都感到兴奋，政治热情普遍高涨。1949年6月党号召“向大西南进军”，金大师生热烈响应，有20多位同学被批准参加西南服务团，组成“金陵大学服务队”，随军南下，参加解放大西南的战斗。1950年10月，当全国掀起轰轰烈烈的抗美援朝运动时，金大校园也燃起反对美帝侵略的熊熊烈火，学校成立了“金陵大学保卫世界和平反对美国侵略”委员会，发表了“抗美援朝，保家卫国”宣言，并通过反侮辱、反诽谤控诉大会、“扫毒”展览会以及宗教革新等一系列活动，揭露美帝侵华罪行，批判亲美、崇美、恐美思想。在这个运动中，金大有176位同学报名参军参干，40人被批准。全国土地改革运动开展后，金大师生近千人（以文学院为主）先后参加了南京郊区和皖北的土地改革运动，在实际斗争中接受教育和锻练。1952年初，为打破美帝国主义对我战略物资的封锁，奉教育部令，金大森林系、植物系教授李德毅、焦启源以及两系的三四年级学生奔赴广东、广西参加栽培橡胶树的工作。同时，又有森林、植物系和林专部分师生在黄瑞采、朱大猷教授带领下前往广州参加华南垦殖队。同年春，全校师生投入了思想改造运动。这是一次深刻而生动的马克思主义和毛泽东思想的教育运动，师生们通过自我教育的方法，认识到为了革命的需要，知识分子必须放下架子，改造世界观，坚定地走与工农相结合的道路。

建国初期，根据《共同纲领》允许宗教自由的精神，金大的宗教活动一如往昔。原来金大与金女大每星期日的联合礼拜以及小礼堂的每日晨祷均照常进行，教职员的团契活动也继续活动无间。1950年暑假还曾邀请金陵神学院的牧师为团契举行讲演，题目为“探讨新旧约圣经的渊源及指津”。据1951年的统计，该年金大教职员及学生共1113人，内基督教徒有250人，其中教职员基督徒81人，学生基督徒169人。总之，那个时期，无论是圣经习读、宗教选课、祈祷以及其他宗教活动，仍享有充分自由。当然，随着民主改革的深入发展，学校里的宗教气息便日渐淡薄了。