金大西迁后，按照教育部规定，调整学校行政机构的设置。1940年，学校行政部门改设为校长办公室和教务、训导、总务三处。教务处下设注册、学籍、成绩和招生4组；训导处下设体育卫生、生活管理、军事管理（后撤销）、奖学金及女生指导5组；总务处下设文书、人事及事务3组。图书馆及会计室仍为学校独立单位。那时，金大的校部机关均设于华大教育学院大楼内。同时，实行三长制，即教务长、训导长、总务长，襄助校长分管这三方面的工作。教务长为柯象峰，训导长为袁柏樵，总务长为倪青原（后由陈裕光校长兼任），1944年时，聘之江大学教授顾琢人担任。各院长人选也有变动。文学院院长原为刘国钧，1944年，由蔡乐生接任；理学院院长魏学仁，因他主要在理学院重庆分部主持工作，1942年，即聘李方训任理学院副院长，在成都主持理学院的工作；农学院院长谢家声于1936年调任中央农业实验所所长，改由章之汶主持院务。中国文化研究所所长徐养秋因故不克赴成都，自1939年起，改由李小缘任所长。

处于非常时期的金大，经费不足，缺乏良好的办学条件，但全校人员本着竭诚为抗战服务的精神，同心协力，艰苦奋斗，推进了学校各项事业的发展。1938年秋，理学院与教育部合办电化教育专修科。1939年，理学院又在重庆创办汽车专修科；同年秋，农学院园艺系增设园艺职业师资科。1940年，学校设社会服务部及社会行政福利研究部；农科研究所增设农艺学部；文学院增设图书馆学专修科，并合并哲学、心理、教育学等课程成立哲学心理学系，政治系与经济系合并成立政治经济学系，下设政治组与经济组；理学院创办电焊职业训练班。1941年，农科研究所增设园艺学部；农学院受中国银行的委托，创办农贷人员训练班；附属中学在成都开办分班。1942年，与华西协合大学、齐鲁大学、金陵女子文理学院合办英语专科。1943年，受教育部委托，举办建设人员训练班；理学院扩充电机工程系；农学院增设园艺专修科，将植物病理学组与昆虫组合并扩建为植物病虫害系。1945年文学院文科研究所增设社会学部，下设社会学组与行政福利组。

随着系科设置的发展和学校各方面秩序的日趋稳定，入学学生数逐步回升。1938年春季学期开始时，学生数为310人（其中研究生8人，本科生299人，专科生3人），以后逐年增加。到1945年时，学生数达到1114人（其中研究生31人，本科生981人，专科生102人），大大超过了战前在校学生总数。此后，金大也就基本上保持了这一规模。

当时，由于华西坝教会办的五大学均面临经济与师资缺乏的共同困难，因此，在办学上不断地扩大了校际的联系与合作。最先是课程上的合作，规定各校所开设课程允许五大学学生互相选课，各校承认其学分。以后渐渐发展为课程上的全面合作，规定各校相同系所开设的课程合二而一，有划一的课程表、各课名称及学分。这样便较好地解决了师资不足的问题。除了课程上的合作，还有联合办系科、联合办刊物、联合招生等等。行政工作上，在实行训导制度、制订校历、改善老师待遇、组织防务等方面，也都商定统一办法与步骤。宗教活动从1939年起，就扩大为五大学礼拜。学校之间联系与合作的决策机构是五校校长联席会议。各校系主任之间、部门之间也举行各种联席会议，但会议所作出的决定，需经校长联席会议认可。五大学之间的联系与合作，不仅促进了工作，而且增加了友谊。被认为是“教会大学之间团结得最美好的时期”。尽管这种联合不断加强与扩大，但各校都自始自终保持了独立的行政系统与师资队伍。

在抗战爆发前，美国教会曾试图调整在华教会大学。计划之一是把分布在江、浙两省的圣约翰大学、沪江大学、东吴大学、金陵大学、之江大学和金女院等六所大学合并成立规模宏大的华东大学（陈裕光：《回忆南京金陵大学》，《上海文史资料选辑》第458辑，第161页。）。酝酿了很久，开过若干次会，起草了建校章程。“七七”事变发生，这一计划就不了了之。未料“七七”事变后，金大却和金女院、齐鲁、燕大、华西等大学在成都华西坝实行合作办学。