“四一二”政变后，国民政府所在地的南京，处在白色恐怖的笼罩之下。南京暨金大的中共地下组织遭到严重破坏后。在上级党的领导下，组织迅速得到恢复，并在艰苦的环境中，继续开展抗日民主斗争。

1928年初，北伐军继续胜利进军。日本帝国主义为阻止北伐军北进，竟然出兵山东，侵占济南，断截津浦铁路，并于5月3日在济南进行了灭绝人性的大屠杀，酿成震惊全国的“五三”惨案。全国人民义愤填膺。金大学生奋起参加了全市大中学生反对日帝的游行示威，举 行了为时一周的罢课，并组织反日暴行国际宣讲会，与金大教职员反日暴行国际宣传部合作，发表声明及宣言，陈述济南惨案之真相，批评和纠正西方报纸歪曲事实的报导，以英文起草，译成法、德、日、印度、朝鲜及世界语等文字向各国散发。还电日内瓦国际联盟秘书处，请求主持公道。在这场全市声讨“济南惨案”的斗争中，中共南京市委发挥了组织领导作用。

面对高涨的抗日爱国运动，国民党当局非但不予支持，反而严加禁止。但是学生们并没有因受到威胁而停止斗争。1929年为寻找真理从辽宁来到南京的青年陈景星考入金大预科，他在接触了马列著作后眼界大开，积极参加党组织的活动，不久即成为一名共产党员。1930年，他按照上级指示，在金大成立了“金大争取自由大同盟”（姜伟：《陈景星烈士事迹》（雨花台烈士陵园管理处烈士史料提供）。），并发展了同学石璞（王昭全：《石璞烈士事迹》（雨花台烈士陵园管理处烈士史料提供）。）、李林泮等人入党，在金大恢复建立党支部，陈景星任党支部书记。从此，金大的爱国民主运动又有了核心力量。

1930年3月，金大发生“影片事件”。起因是金大青年会于3月22日晚举行会员联欢会，放映由美籍教师雪佛尔自备的几部在中国摄制的录像片，其中有侮辱中国的镜头及文字说明，当场引起学生不满，蜂涌至校长室交涉，终于使校务会议作出决定，责令青年会负责人辞职，雪佛尔公开道歉，删节影片内容。斗争的胜利鼓舞了学生的爱国热情。4月，在党支部的组织下，金大学生又到下关和记洋行支援工人的罢工斗争。

但在此时，党内左倾盲动错误路线抬头，南京党组织不顾主客观条件，决定在五月组织“五罢”斗争（罢工、罢课、罢市、罢商、罢操）。遭到失败后，又筹划南京暴动。结果暴动未成，陈景星、石璞等先后被捕，他们在狱中备受酷刑，坚贞不屈。最后陈景星、石璞、李林泮等8位同志英勇就义。此后革命活动进入低潮。

1931年9月18日，日本帝国主义悍然发动了对中国东北的武装进攻。由于国民党政府采取不抵抗政策，致使中国大片锦绣河山沦丧敌手。中国共产党代表中国人民的正义要求，号召“组织群众的反帝运动，发动群众斗争，反抗日本帝国主义”。在党的发动与组织下，全国抗日民主运动汹涌澎湃。9月25日后，各地学生纷纷涌进南京，向政府请愿，要求抗日。当局却声称“攘外必先安内”，千方百计瓦解学生运动。但这一切阻挡不住抗日洪流。9月28日，金大、中大与复旦大学赴宁请愿团汇合，赴国府请愿。金大学生提出条件是：“1．下令东北长官死守未失土地，请求政府驱逐日本出境；2．日本侵犯东三省不得认为地方问题，应归中央办理；3．要求政府无论形势如何严重，不得缔结辱国条约；4．严办外交不力的专员。”各校提出条件大同小异。于右任和蒋介石先后接见请愿学生，表示接受学生要求。

从“九一八”事变而爆发的全国抗日民主运动，显示了中国人民反抗侵略的不屈不挠的斗争精神。但是由于国民政府的一味妥协退让助长了日帝的嚣张气焰。它在得手东北之后，又将魔爪伸向华北地区并狂妄地宣称它是亚洲的主人，是中国的保护者。面对民族的危亡，金大师生满腔怒火。1934年秋，与金大毗邻的日本领事馆竖起了一座旗杆，高与北大楼齐。全校师生“入门翘首，仇旗高张，触目惊心，忿而共慨”，一致要求在校园里竖立起一座更高的旗杆，以扬国威。由朱恕、沈乃森、黄贻孙、朱联标、郑乃涛、蔡哲博、赵士贤、郑槐等数十位同学发起，并贴出“从速竖立旗杆启事”，立即得到全校响应，人人踊跃捐款，筹建旗杆，校方也十分支持。次年10月，一座入土15尺，高121尺的钢管式旗杆便在大礼堂南侧拔地而起，高出北大楼10尺。在每天举 行升旗仪式时，全校人员一律停止工作、学习和其他活动，自动立正。大家目视国旗徐徐升起，凌空飘扬，无不感到扬眉吐气。（注：1964年5月，南京大学因建造教学大楼，将旗杆迁植于大操场南侧，并刻石以资纪念）

在民族危亡日益加深的形势下，1935年12月，北平爆发了“一二·九”运动，爱国学生喊出了“打倒汉奸卖国贼，停止内战，一致对外”的口号，遭到当局的残酷镇压。消息传到南京，中大、金大等10余所学校的学生联合举行了“要求抗日，保障爱国运动”的请愿大游行。国民政府下令戒严，禁止游行，并以“格杀勿论”相威胁。因中大学生被包围在校内，北平来人只得与金大联系，在金大礼堂作北平学生被镇压的报告，要求声援。报告结束，群情激愤，纷纷要求响应北平学生呼吁，立即行动起来。但因当时中共地下组织遭到破坏后尚未恢复，缺乏中坚力量，金大学生会又为反动学生所把持，因而未能取得任何结果。在这困难的情形下，经过少数幸存下来与组织失去联系的共产党员、共青团员和进步学生的秘密联系，逐步把力量集结起来。1936年春，金大学生祁式潜、李庚、胡笃弘（胡叔度）等人与中大联系，筹建“南京学生界救国会”。同年8月，在该会的基础上，正式成立“南京秘密学联”，祁式潜、李庚、胡笃弘、胡笃仲（胡畏）等人为该组织领导成员（胡畏等：《金大师生爱国民主传统》。载《金陵大学史料集》第294页。）。由于当局禁止抗日团体的存在，该组织只能是少数先进分子的秘密组织。金大参加“秘密学联”的成员有10余人，以他们为骨干，金大建立了“群体社”，有60多人参加。以这个公开社团为掩护，把更多的同学团结在秘密学联的周围，开展各种形式的救亡宣传活动。1937年5月，李庚、胡笃弘被捕（经营救释放），但组织未遭到破坏，学生们抗日救亡活动继续进行。1937年“七七”事变发生，祁式潜等人以“南京秘密学联”为基础，建立公开合法的全市性组织——南京学生暑期抗敌救援会，在南京的下关、夫子庙等处进行抗日救亡宣传，开办救护训练班等。不久，八路军南京办事处成立，中共南京市委又重新建立和恢复活动，秘密学联的主要成员祁式潜、李庚、胡笃弘等人均被吸收入党。后来秘密学联成员和它所培养的一批干部分散到武汉、延安、重庆等地以及敌后解放区工作。

在这一时期内，金大学生创办了特刊《国难》，金大校刊也辟有《反日专号》，对日本帝国主义的侵略罪行口诛笔伐。同时，为走上抗日前线作准备，将军训列为全校学生的必修课程。