20世纪初期，中国官办大学日益发展，除京师大学堂外，各省也纷纷创办大学堂。南京三江师范学堂就是在这时开办的。中国新式大学堂的发展，刺激了教会学校，教会开始 “担心政府在教育方面的竞争”，“除非集中力量，否则官办学校就会超过他们。教会学校如果再不增加完备的实验室和图书馆，不聘请更多更好的教师的话，那么优秀学生将被政府学校吸引去”。于是许多著名传教士竭力主张联合书院，扩大规模，建成名符其实的大学，“以期成为国立大学的榜样”。（杰西格·卢茨：《中国教会大学史》，第96页。）

在联合的过程中，由于教会内部意见不一，曾出现各种争论，因此联合大都几经周折，但最后都获得了成功。当时联合建成的大学，除金陵大学而外，有北京汇文大学（燕京大学前身），上海圣约翰大学、沪江大学，杭州之江大学，山东基督教共和大学（齐鲁大学前身），成都华西协合大学等。这些大学后来都发展成为著名教会大学。

南京金陵大学是汇文书院和其他两个书院：基督书院和益智书院合并建立的。该三书院在南京城内鼎足而三。

基督书院（Nanking Christian College）由美国教会基督会于1891年创办。创办人是美国基督会传教士美葛斯（F.Rank E.Meigs）。他是美国纽约人，父母务农，笃信基督教。他受美国基督教国外传教团的委派于1887年1月抵达南京，立志以身许中国，故自号曰“在中”。起初美在中住宿在基督医院医士马林家中。其时，虽然“南京皈依基督教者日众”，但他认为“信仰虽新，智识依旧，深怕无智识之信仰，易生魔障，非灌输智识，无以羽教旨”（《金陵光》1916年临时增刊《美在中传》。）。于是他请求基督会捐款，在南京鼓楼西南建造基督书院。美在中被举为院长。开办时学生20人。数年后，达到200余人。

益智书院（The Presbyterian Academy）是美国教会长老会于1894年创办的，院址在南京户部街。创办人是长老会传教士贺子夏（美籍），后由文怀恩（西名J.E.Williams）继任。文怀恩和美在中同时来华，曾一起创办基督书院。

汇文、基督、益智三书院都是男生学校，办学宗旨相同，办法亦大同小异。

美在中首先倡议合并书院。他认为“孤往，则精力分散而收效浅；共作，则菁华聚而成功多。且祖国教会聚金委办教育事业，当化畛域而屈群策，以最少经费谋最大功效，不然则获罪于天矣！”（《金陵光》第8期临时增刊，见《金陵大学史料集》，第9页。）几经酝酿，于1906年将益智书院之高年级并入基督书院，定名宏育书院（The Union Chrisitan College），以基督书院为院址，由美在中任院长，文怀恩任副院长。1907年，又有汇文书院与宏育书院合并之议，因汇文书院院长师图尔持有异议未能成功。

汇文书院新任院长包文则是一位热心教育事业的传教士。他是美国伊利诺州之离盘塞人，毕业于美国讷克司大学文学系。于1897年（光绪二十三年）来华。他“勇于任事，尤具远见卓识”。他以为，“中国之困亟矣，非以教育新民智不足以自振救，而教育之宗旨宜纯正，规模宜远大，组织设备宜健全完美，然后始可以言得人才为社会用，今南京一隅设三校，其政不相谋，课程多重复，且为经费限，不得备其设施，势必至于因循苟且，徒劳而无功，吾不知其有何益于中国，其亦大背吾人办学之旨矣！”（《包文先佳传》，载《金陵大学史料集》第14页。）包文与美在中皆主张合并书院，建立完备大学。但合并办法，“彼此初甚龃龉”。经过反复协商，始决以宏育并入汇文，定名为金陵大学堂(The University of Nanking)。推举包文任学堂监督（校长），文怀恩副之，美在中任大学圣经部主任兼附中校长。大学部设于干河沿汇文书院院址，附中设于宏育书院院址，小学设于益智书院院址。