合并三书院建立金陵大学，旨在建成一所完备高等学府。合并一旦取得成功，创办大学的有关教会：美以美会、基督会、北长老会便在美国纽约联合组成托事部。该部是学校最高权力机构，掌管大部份行政权力，学校的重要决定均需得到托事部的批准，包括校长、副校长的任命，学校经费的保管与监督。同时也承担筹募经费的责任。托事部的首任会长是美国著名学者及宗教领袖史密尔博士。

与此同时，在南京成立董事会（相当于托事部的驻宁办事机构）。由大学校长、有关行政管理人员及联合公会的代表组成。董事会的主要职责：监察审议本校所有进行事宜，包括任命大学行政管理人员，起草学校年度预算报托事部批准，任免中国教职员，批准学校开设的课程等等。起初，董事会所有董事（包括校长、副校长以及行政管理人员）都是外国人，并且都是基督徒。后来（日期不详），修改董事会章程，增加了同学会（校友会）的代表，于是便有了中国董事。如任驻德公使的黄荣良、任绥远省实业厅长的韩安、任东南大学教授的陶行知均以校友身份担任金大董事会的董事。

金大的行政管理人员除校长、副校长外，有司库（会计）、校长秘书、房屋和场地总管、学监等等，他们分别负责学校各方面的行政事务，学校的教学行政单位为科。金大初创时，仅设文科，数理化等科附设文科，均授文学士学位。包文兼任文科科长。

学校的经费，1910年经各联合教会协议，由每个差会交付相当于4万美元的土地、房屋、设备、现金，提供3名教师，每年出捐助费0.24万美金。后来，在此基础上有所增加，到1922年时，提供教师数增加为5名，年捐款数增加为0.4万美金。

金陵大学在完成其行政管理组织以后，作为一所完备大学，尚需得到政府认可，这样学校才有其地位，否则作为一所完全大学还是不完善的。当时，教会学校在行政上与中国政府毫无关系。清政府一向认为外国教会在中国设立的学校，是以外国人的资格和条约上的权利为依据而设立的，非国内教育事业，因此采取不干预的态度，不考虑学校办理立案之类的手续，当时也无立案的明文规定。这样教会学校便不认为对中国负有什么责任。因此，金陵大学成立后，并未想到要得到中国政府的认可，而是立即向美国纽约州教育局申请立案。1911年4月，金陵大学便接到美国纽约州教育局局长和纽约大学校长签署的特别许可证，正式同意金陵大学在美国纽约教育局立案，并承认金陵大学为一完全大学，得以享受“泰西凡大学应享之权利”。（《金陵光》1913年4月第1期。）自此，金陵大学的毕业文凭就改由纽约大学校董会签发，然后转致金陵大学堂监发毕业生。毕业生持此文凭便可不经考试直接升入国外有关大学研究院深造，并获得学位。关于中国教会大学在美国立案，上海圣约翰大学校长卜舫济在1900年中华教育会第六届会议上曾坦白地承认：“立案后的中国大学便变成为中国土地上的美国附属学校。”这可以说是一种特殊的治外治权原则的扩充。

与金陵大学同在美国纽约州立案的教会大学有：华西协合大学、华南女子大学以及在1913年成立的金陵女子大学等。

金陵大学初创，无论课堂宿舍、图书设备以及师资力量均简陋缺乏，不敷使用。而大学开办后，学生人数岁有增加，校务呈蒸蒸日上之势。因此，无论校舍之扩大，师资之补充，设备之改善均十分紧迫。包文校长制定了宏大的建校规划。规划的第一步便是购置土地，重建校舍。虽然“经济窘困，人为之忧”，可他毫不犹豫顾忌，胸有成竹。他派员携其手订之计划，回美国赴托事部以募捐及增添教师为请。他与文怀恩副校长也多次亲自回美筹划经费，请求捐款。当时美国正处在第一次世界大战前夕的景气时期，募捐比较容易，慷慨解囊之富商不少。历数年之苦心经营，终于获得巨额资金，使金大重建校舍的计划得以实施。这是包、文两校长为金大日后的发展所建立的首功。

1910年，金大在鼓楼之西南坡购得大片土地作为新校址。这地方名曰“西山”，是南京古时战场，死者就地埋葬，久而久之，这里便成为义冢地。后来成为当地居民的坟地，荒丘垒垒，乱坟无数。教会用极低廉的价格买下后，将丘铲平，挖掉墓坟。为此曾“争讼数年，案盈几尺”，最后还是金大打赢了这场官司，占有了这片坟地。随即便从美国请来测绘师和建筑师规划、设计校舍建筑。全部工程由美国芝加哥一家公司承包，建筑材料除屋顶的琉璃瓦及基本土木外，也大都从国外进口。新校舍从1911年开始设计，1915年科学馆落成，至1921年便全部竣工。校舍基地面积达2300余亩，地势由北向南倾斜。建成的校舍，规模宏大，计有行政楼、科学馆、医科诊室、礼堂、课堂宿舍等共有大楼11座。1924年得美国洛氏基金社中国医学委员会与美国仕女的赞助，又建农林馆一座，名“裴以理楼”。这些楼房中西合璧，宏伟壮丽，与鼓楼平峙，为当时南京最高大的建筑。

金陵大学自1916年起，便陆续迁入新校舍。干河沿旧址改设附属中学。

1911年，金陵大学又以4万美元购置了与金大校园相毗联的旧宅一座。该宅名陶园（或桃园）（《金陵光》1913年4月第1期。），是清朝一位俞姓贵族的住宅，三层楼房，屋宇精美，地址宽阔，风景优美，适合儿童课余游息。同年秋，便将设在城南户部街的小学移设于此。后来在三层楼下，“深凿其底，建筑底层”，建成地下室，作为学生的习艺场所。

西山本是南京阴森可怕之坟地，金大购之建成环境幽美的高等学府；陶园当时被视为凶宅，无人问津，转手金大，又成为传播知识的摇篮。这在20世纪初期风气尚很闭塞的年代，金大此举倒是起了破除“风水邪说”的先锋作用。

学校初办，教师数量少，且“其学术水平高下不齐，难以传授高深学问”。包文向美托事部请求增聘教师。学校组织了聘任委员会，审查教师资格。于是，文理农医等各方面专家学者来校者日众，学校气象逐渐更新。