金陵大学的前身是美国基督教会美以美会于1888年在南京干河沿创办的汇文书院。它的创办同当时外国教会办的其他学校一样，是19世纪末期，在中国遭受帝国主义侵略的历史背景下，外来文化冲击和中国社会内部变革双重作用的产物。

鸦片战争以后，帝国主义列强加紧对我侵略，胁迫清政府签订了一系列不平等条约。1844年，中美《望厦条约》的签订，首开外国传教士可以在中国自由传教的先例。从此，凭借条约的庇护，西方传教士、尤其是美国传教士便蜂拥而至。据不完全统计，1840年以前，在华的基督教传教士不过20人左右；到1889年便增加到1296人；20世纪初，又骤增至3445人。中国的府、州、县及乡镇几乎都建有教堂（《中华归主》1922年版。）。开始，他们的传教活动困难重重，为了站稳脚跟，扩大影响，传教士们便以办教育、办各种慈善事业来吸引传教的听众。于是，教会学校便在中国建立和发展起来。初期的教会学校规模很小，一般设在传教士家中或附设在教堂内，免费吸收贫苦人家子弟入学，以宣讲《圣经》为主，也教以读写知识及算术字母等。这时，办学是传教的一种辅助手段，完全服从于传教的需要。

当中国一步步地沦为半殖民地半封建社会时，一些进步的知识分子和开明官吏，为了救国救民，主张学习西方科学技术，他们提出了“师夷长技以制夷”的口号。当时政府一些掌有实权的官僚，也从战争的失败中认识到必须学习西方“长技”，才能挽救摇摇欲坠的封建统治。于是，他们大力鼓吹并主持洋务事业，兴办工厂矿山，修筑铁路，举办邮电，制造新式枪炮，设立外交机构，创办新式学堂等等。1862年，清政府批准开办京师同文馆，培养外语人才，后来扩大到数学、自然科学。这是我国最早办的一所新式学堂。著名传教士丁韪良被聘为京师同文馆的总教习。清政府开办的大的书院，也大都有传教士任职。教会学校的教科书，也被官办学校采用。面对中国官办学校的兴起和对西学兴趣的增长，教会教育的目标便渐渐突破原来从属于传教活动的地位，开始向着作为一种学术机构的方向发展。到19世纪末，教会学校迅速发展，全国通都大邑无不有教会学校的存在。当时，美国教会最热衷于办学，他们办的学校在各国教会中独占鳌头。许多著名的教会学校都是美国传教士办的。单就大学而言，著名的大学就有13所之多。金陵大学即是其中的一所。

南京是基督教输入较早的一个城市。早在明朝万历年间，著名天主教传教士利玛窦就来过南京。鸦片战争后，基督教开始在南京盛行起来。从19世纪40年代以后，美国基督教会的长老会、美以美会、基督会便先后派传教士来华，分别在南京的花市大街、估衣廊、兴中门及鼓楼等处建筑教堂，进行传教布道，并办医院、学校和各种慈善事业。（见《首都志》14卷，1934年版。）

1887年，在全国要求改革八股取士，建立新式学堂的呼声中，清政府下达了在科举考试中增设算学一科的诏谕。当时由于算学考试受条件限制，报考者极少。在这个历史背景下，美以美会的传教士傅罗（C.H.Fowler）便于1888年在南京创办了汇文书院（The Nanking University）。创办人的目的，“很明显地想利用1887年清政府关于在科举考试中增设算学一科的诏谕的机会来创办这所学校。因为美以美会华中差会1888年宣布说，（该书院）办学目的是教授高级科学课程，以便在中国知识界获得一席之地。”（《教务杂誌》19卷，590页。）

汇文书院是南京地区之有新式学堂的嚆矢，也是国内早期创办的高等学校之一。它比南京近代创立的三江师范学堂早14年。