1950年6月，朝鲜战争发生。10月，中国人民志愿军赴朝参战，全国掀起“抗美援朝，保家卫国”运动，反对美国侵略的浪潮席卷中华大地。这次战争，对在华教会学校的命运发生了历史性和根本性的转折。

1950年12月17日，美国政府突然宣布冻结中国在美国的全部财产，并规定非特别许可，将资金汇到大陆是非法的。中国政府对此立即作出反应，于12月26日，下令冻结美国在华财产。接着，作出了“关于处理接受美国津贴之文化教育救济机关及宗教团体的方针”的决定。该决定指出：“凡接受美国津贴的文化教育医疗机关分别情况，或由政府接办，改为国家事业；或由人民团体继续经营，改为中国人民完全自办的事业；私人团体经营有困难者，政府予以适当补助。”以期“把一百多年来美帝对中国人民之文化侵略，最后地、永远地、彻底地、全部地加以结束”。决定公布后，金大全体师生员工立即致电周恩来总理，并发表宣言，衷心拥护这一决定。（《金大工讯》第5期，1951年6月。）这一年底，留校的西籍教职员便全部回国。

1951年1月11日，教育部颁布了《关于处理接受外国津贴的教会学校及其他教育机关的指示》，并于16日召开处理接受美国津贴的高等学校会议，重申新中国决不允许外国人在我国办学的方针，确定了接收这些学校机关的原则、办法与措施。金大代理校务李方训及教师学生代表共3人出席了这次会议。在会议期间，美国基督教大学联合托事部电邀各校派代表去香港与该部代表商谈津贴费事宜。金大接此电告后，全校师生举行集会，通过决议：“不予回复，拒绝邀请。”从此，金大便与外国教会断绝一切联系。随后，根据政务院《关于接受美国津贴及外资经营之文化教育救济机关和宗教团体登记条例》的规定，立即造具清册，于2月14日向南京市人民政府办理登记，并同时冻结存款。如需动用，须经审批。至3月，存款已罄，教职员工4月份的工资即由南京市文教局拨款2亿元接济。

金大与金陵女子文理学院属美国教会的同一教派，在美国组织联合托事部，都是接受美国教会基金较多的学校。根据处理前一年（1950）的统计，金陵大学接受外国津贴达454433万元（以人民币计算，包括教会补助、基金利息及其他各类津贴），学杂费收入仅为53596万元。因此两校与美国断绝关系后，均无法独立办校。经协商，决定两校合并，接受政府提供的经费，改为公立。（引自《中华人民共和国大事记》（1949～1982）。）并自1951年4月起，学校经费即由华东教育部审批拨发。

金陵女子文理学院，原名金陵女子大学，创办于1913年，由美国浸礼会、监理会、美以美会、长老会、基督会等教会联合创办。始设于南京绣花巷，1916年起，在南京宁海路建筑新校舍。首任校长为德本康夫人（Mrs lanrence Thurston）。1991年获得美国纽约州立大学对金陵女子大学学位的认可。1928年学校改组，由吴贻芳任校长。她1893年出生在湖北武昌，1919年毕业于金女大，1928年获美国密执安大学生物学博士学位。她长校后，即于1930年向国民政府办理立案手续。因金女大仅设文、理两院，按《大学组织法》，改称金陵女子文理学院。该院设有中文、外语、历史、社会学、音乐、体育、哲学、生物、化学、数学、物理、地理、家政、医预科和护预科等系科。1950年，即接受处理的前一年，全校学生人数为221人，教职工119人（其中教师56人，职工23人，工警40人），接受外国津贴达157753万元（折合人民币），学杂费收入为18920万元。金女院规模小于金大，但基本情况相似。

1951年3月23日，成立金大与金女院两校合并筹委会，由李方训、吴贻芳、包志立（金女院教务长）、陈中凡（金女院文科代表）、吴懋仪（金女院理科代表）、樊庆笙、戈福鼎、王绳祖、靳自重、刘开荣（金女院工会主席）、肖焘（金大工会副主席）及两校学生代表各2人组成。华东教育部委派南京市文教局长孙叔平参加该筹委会，主持筹备工作。并指定李方训、吴贻芳为暂代校委会正、副主委。筹备会拟具了合并筹备方案，经华东教育部批准后实施。合并后的校名，曾有“紫金山大学”、“毛泽东大学”、“华东大学”等的提议，但根据绝大多数群众意见，仍以金陵大学为新校名。校名确定后，即组成公立金陵大学校务委员会，由李方训、吴贻芳、戈福鼎、樊庆笙、陈中凡、陈纳逊、高觉敷、钱且华、刘开荣、肖焘、郑今明、戴安邦、靳自重、熊子?、庄瑞舫（后4人系后来增补）及学生代表共17人组成。任命李方训、吴贻芳为正副主任委员。校务委员会以下设政治教学委员会和各种常设委员会，办事机构为秘书室、教务处和总务处。两校原设院系（科）经合并调整，设文、理、农三院，共22系、6个专修科和2个部。

文学院    中国文学系、外国语言文学系、历史学系、经济学系、社会学系、儿童福利系、教育学系、音乐系、体育系及中国语文专修科、托儿专修科、体育专修科。院址设于原金女院的文学院大楼及行政楼。

理学院    数学系、物理系、动物学系、化学系、化学工程系、电机工程系以及电影播音专修科和影音部。院址设于金大科学馆、应用科学馆和金女院科学馆。

农学院    农经系、农艺系、农业工程系、园艺系、森林系、植物系、植物病虫害系以及林业专修科、农业专修科和生产农场管理部。院址设在金大农学院大楼。

两校原设之哲学系、地理系、医学先修科、护士先修科、家政系营养组以及中国文化研究所因师资不足而停办。停办系科的学生分别转学南京大学、上海医学院、燕京大学及中国协和护士学校继续修读；有些学生则转系于金大其他系科；有些系科如儿童福利系和托儿专修科、中文系与中国语文专修科、体育系与体育专修科等因教学目的尚未分别明确，且又无力兼顾者，系或者科（二者之一）暂停招生。

公立金陵大学1951年度第一学期共有17个系科招生。

鉴于金陵大学过去在国内的学术地位。在1951年6月中国科学院和教育部联合公布的《1951年暑假招收实习员、研究生办法》中，金陵大学被指定为全国招收研究生的15所高校之一。

1951年9月1日，在金陵大学礼堂隆重举行公立金陵大学成立庆祝大会。南京市市长柯庆施及有关部门和兄弟院校负责人出席大会。全校师生员工欢笑雀跃，在鞭炮与锣鼓声中欢庆公立金陵大学的诞生。从此，金陵大学开始了其光明灿烂的新的历程，而作为教会大学的金陵大学便消亡了。