南高初建时，在校长之下设立行政、议事两个系统，前者总揽全校事务，并分教务、斋务、庶务3处办公，各有主任一名；议事系统为校务会议，由校长以及教学各科、行政各处主任组成，附中、附小主任列席。故实际上是行政、议事不分。随着学校规模的不断扩大，复经多年实践，南高机构逐步充实完善，分工渐趋严密科学，至1920年，体制与机构基本定型。新体制有两个特点，一是采用“责任制”与“会议制”兼重的原则，有民主集中，又有明确分工，发挥了行政和教师两方面的积极性；二是行政机构少、议事机构多，前者高效率、无冗员，后者多由教授兼职，既减少了编制，又体现了“教授治校”的思想。至东大时期，则是完全仿照英美进行治校，一种近现代大学的管理模式已然形成。按照教育部核准的《东南大学组织大纲》，校长总辖全校事务，凡各科主任、各系主任、教授、讲师、助理及行政各部主任、各部职员、事务员等，均由校长延聘。为了真正体现出民主精神，发挥教授作用，提高工作效率，实现各有关机构间的相互协调和彼此监督，东大采用了校长领导下的“三会制”，即设立评议会、教授会和行政委员会，分别负责议事、教学和行政事宜，各会均由校长兼任主席。其性质、职能和运作方式如下：

(一) 评议会

评议会系议事机构，类似校务委员会，具有一定的立法性质。其决议经校长批准后，行政部门即当执行。根据修改后的《东南大学组织大纲》，其主要职能是：议决学校教育方针；关于经济之建议事项；重要之建筑及设备；系与科之增设废止或变更；关于校内其他重要事项。评议会由下列人员组成：校长，任主席；骺拼恚钥浦魅纬渲桓飨荡恚步淌诓蛔?5人者由系主任充之，5～9人者除主任外再由教授互选1人，10～14人者由教授互选2人，余者类推；行政各部代表，除1人由主任充任外，其余由职务较重要者互选若干人充之，其人数与各系之比例相同；附中、附小代表，各2人，1人由主任充之，另1人由教职员互选。评议会为商讨校务便利起见，设有各种委员会，各委员会设主任1人，委员若干人，由评议会主席即校长在教授中指定。委员会有“常设”和“临时”两种，常设委员会有推广教育、游艺、招生、校舍建筑、出版、图书、运动、学生自治等8个委员会；临时委员会则是根据学校的工作重点和实际需要临时成立。比如，“制定校训委员会”和“制定校徽委员会”组织全校确定了东大的校训和校徽便是一例。东大的校训是“止于至善”，取于《礼记·大学》中的“大学之道，在明明德，在亲民，在止于至善”，借用大学“三纲领”来表达东大志在使学风、校风及师生的言行均求臻于至善的寓意。东大的校徽为“银质圆形，以‘国立东南大学’六字为周纹，‘止于至善’四字直立于中”。（中大校友通讯：《我们中大的校训、校徽及起源》，《中大八十年》，第79页。）开始各教授参加委员会没有限制，后来则规定每人不得担任2个委员会以上的委员。（《南京高等师范学校各委员会名单》，《南京大学校史资料选辑》，内部资料，1982年，第63～65页。）

(二) 教授会

教授会指导全校教学工作，议处全校教务上的公共事项，向评议会建议系科的增设、废止或变更，赠予名誉学位的议决，规定学生成绩的标准。教授会由校长、各科主任、各系主任及教授组成，校长为当然主席。教授会可以设立各种临时委员会，如暑期学校研究委员会、教学法研究委员会等，由教授会主席在教授中指定主任1人、委员若干人。各科设科教授会。

(三) 行政委员会

行政委员会是全校行政的中枢，协助校长执行校务。主任由郭秉文担任，另设副主任一人，由刘伯明担任。主任离校期间，由副主任代行主任职权。该委员会的职权是：规划全校公共行政事宜；督促审查行政各部事务；执行临时发生的各种行政事务。下设教务部、事务部、会计部、文牍部、图书部、出版部、体育部、建筑部、介绍部、女生指导部、医药卫生部和群育部，分头办理各项行政工作。

就学校的管理体制和组织实施情况来看，在南高、东大的前期和中期，郭秉文一心致力于事业的发展，工作务实，谦虚谨慎，作风民主，重视发挥“三会”以及校董会的积极作用，因此各组织运转灵活，学校事业稳步发展。及至学校规模日大、事业日盛、校长名声日隆，各科系之间、人际之间的矛盾也逐渐显露出来。加之郭秉文活动纷繁，接触教师的机会渐少，而独断专行的作风日浓，于是在评议会、教授会上对郭的批评之声愈来愈多，郭遂以教授会、评议会成员大多重复为由，通过校董会撤销了评议会，更引起众多教授的不满和离去。故在1926年郭去职后东大修订的组织大纲中，不仅恢复了评议会，并且强化了教授会、评议会的职权。可见，权力需要制约。校长总理校务，固然要有科学的体制及机制与之相适应，但任何好的体制，又必须由人去执行；而领导者素质固然是关键，但必须以管理体制作前提，两者相辅相成，缺一不可。
        1925年初，东南大学的事业发展达到了顶峰。然而，随后所发生的“易长风潮”却使得如日中天的东南大学元气大伤。1925年1月6日北洋政府国务会议通过了免去郭秉文东大校长职务、任命胡敦复为东大校长的决议。这一决定引发了校内“拥郭派”与“拥胡派”、东大校董会(校董多为江苏各界实力派人物)与教育部的激烈争斗。由于“拥郭派”的抵制，胡敦复在长达四个月的时段里一直未能履职。其间，郭秉文被校董会派往国外考察；教育部决定取消校董会，而东大教授会则“退回教育部训令”，并成立校务委员会(推选陈逸凡为主席)主持校政；4月18日国务会议再度决定胡敦复为东大简任校长，教育总长章士钊坚持聘胡；东大47位教授宣布停教(当时南高教授共64位)。5月3日，胡拟“武力”赴任，请求省长“派卫队保护前往”，省长未予应允。是年7月，新任省长郑谦聘请原江苏教育厅长蒋维乔为东大代校长，“易长风潮”才逐渐平息。
        蒋维乔(1873～1958)，号因是子，字竹庄，江苏武进人。早年留学日本时，接触了资产阶级革命思想，认为“救国之本还在教育”。民国成立后，历任教育部秘书长、参事、江苏教育厅长、东南大学教授，主持草拟了《中华民国普通教育暂行办法通令》，是民国教育体制的制定者之一。著有《中国近三百年哲学史》等。他任东大校长后，学校才逐步从急剧震荡中稳定了下来。