1949年4月20日，人民解放军百万雄师横渡长江。4月23日，南京解放。以“起看星河含曙意，愿将热血荐黎明”（森林系梁希教授诗句）的大无畏精神投入“应变、护校、迎解放”斗争的中央大学师生员工，终于熬过黎明前的黑暗，迎来了新生的曙光。

（一） 中央大学的接管

1949年4月26日，应周恩来之邀于南京解放前夕秘密北上参加新政治协商会议筹备工作的梁希、潘菽两教授自北平来电：“庆贺南京解放，并祝学校平安。”4月27日，中央大学教授会、维持会电复梁、潘：“亟盼就近催促，派员接收，并恳速驾返校，共策前途。”梁、潘二教授立即电请刘伯承将军早日派员办理中央大学接收事宜。5月7日，中国人民解放军南京军事管制委员会主任刘伯承、副主任宋任穷委派市军管会文教接管委员会大专部部长赵卓为中央大学军代表，并负责该校接管事宜。

与赵卓一同被派往中央大学的接管人员还有：军代表助理萧曙英，军事联络员郭杰、苏林歌、黄守坤、高珍谦和韩轲。他们的任务是：收缴国民党游兵散勇丢弃的枪支弹药及单位、个人收藏的武器；清点公共财产，造具清册；维护正常教学秩序，确保教学顺利进行等。在市军管会文教委员会主任徐平羽的指导下，中央大学成立了由刘庆云（校维持委员会委员）、周慧明（教授代表）、杨秉义（职员代表）、吴衍庆（助教代表）、李昌禄、于庆鸿、郭加强、陈万芳（均为学生代表）及工人代表1人组成的接管工作组。5月中旬，传达了军管会文教处“暂维现状，立即开学”的方针，并广泛宣传接管的意义，使师生员工明确：（1 ）接管之后，我们便做了主人；（2）接管工作是建立新民主主义文化教育的开始；（3）旧法统自宣布接管之后即告死亡。在深入动员的基础上，采取公开报名的方式，组织师生员工参加清点、接收工作。几天之后，先后有2900余名师生员工踊跃报名，占当时在校人员的92%。全校分为15个分组、400多个小组，从5月18日起对各院系、各部门的物资、设备等进行清点、查验。参加清点工作的师生员工充满了当家做主的自豪感，医务组寄生虫科一位老先生深有感触地说：“敌伪时期对金大、政大的接受，是用枪杆把管理人员赶跑。现在不同啦，我们都是主人了，一切东西必须细心清点，因为这是属于人民的了。”有位校外人士问文学院的同学：“你们都帮助接管吗？”同学严肃地回答：“不是‘帮助’谁接管，而是我们自己接管。”许多教授通过参加接管、清点工作，认识了人民政府与国民党政府在宗旨、作风上的本质区别，增强了对人民政府的信任。法医科汪继祖教授等还上书有关领导表达他们“为人民服务的愿望”。6月9日，清点工作基本结束。次日，分别在四牌楼校本部和丁家桥二部举行了正式接管仪式。9月，接管工作告一段落，赵卓调任中央图书馆、北平图书馆南京分馆、国立编译馆等单位的军代表，校军代表一职先后由孙叔平、栾长明担任。

（二） 更名“国立南京大学”

8月8日，根据南京市军管会文教委员会通知，国立中央大学改名为“国立南京大学”。12日，成立国立南京大学校务委员会，由梁希、潘菽、张江树、涂长望、钱钟韩、谢安祜、胡乾善、金善宝、干铎、蔡翘、高学勤、胡小石、楼光来、吴传颐、韩儒林、陈鹤琴、熊子容、陈谦 （讲师代表）、管致中（助教代表）、傅春台、陈又新（学生代表）等21人组成。梁希、潘菽、张江树、涂长望、干铎、管致中、傅春台等7人为校务委员会常务委员，梁希为校务委员会主席（该年11月，梁希调任中央人民政府林垦部部长后，由潘菽继任校务委员会主席），潘菽为教务长，干铎为校务委员会秘书长，涂长望为二部主任，张江树为理学院院长，钱钟韩为工学院院长，金善宝为农学院院长，蔡翘为医学院院长，高学勤为大学医院院长，胡小石为文学院院长，吴传颐为法学院院长，陈鹤琴为师范学院院长。

8月15日，原校务维持委员会常务委员会熊子容、孙本文、刘世超在军代表赵卓监交下，向新的校务委员会移交了所有清册文件。至此，中央大学的接管工作胜利结束，开始了办成社会主义新型大学的历史性进程。

1949年4月南京解放之后至1950年5月，国立南京大学属南京市军管会高等教育处领导。5月20日，奉华东军政委员会命令，南京高教处于5月底结束工作，国立南京大学、安徽大学、私立金陵大学、金陵女子文理学院等四校改由华东军政委员会直接领导。同年10月10日，接华东军政委员会教育部长吴有训签发的通知：“经政务院核定，除私立学校于校名上加冠‘私立’二字外，各级学校校名不加国立、省立、市立及公立字样。”自此，学校校名即去“国立”二字迳称“南京大学”。