1937年7月7日，发生了芦沟桥事变。于是全国性的抗日战争就此开始。在硝烟弥漫之中，金大举校西迁，又步入了一个新的历史阶段。

继“七七”事变之后，爆发了上海“八一三”事变，淞沪失守，日军长驱直入，首都岌岌可危。在此危急的形势下，金大和其他大学一样，无法正常上课，积极作内迁准备。最初，金大打算迁往四川万县，但考虑到万县校址分散，当地又无其他高校，消息闭塞，不利于教学科研工作，又改与成都华西协合大学接洽，获得同意，便初步定下迁校成都的计划。华西协合大学（简称华大）也是一所教会大学，校址在成都华西坝。该校创办于1910年，设文、理、医三个学院。1933年批准立案。

当时，金大在迁校问题上，内部意见不一。持否定态度的主要是美国传教士，他们对时局估计不足，抱无所谓态度，且认为南京即使失陷，有美国大使馆保护，不怕日本人来干扰，能照样开学上课。那时上海的圣约翰大学、沪江大学和苏州的东吴大学也想依靠美国的治外法权，均不作内迁打算。加上当时教育部也认为公立大学内迁了，教会大学迁不迁无所谓，甚至认为眼前需要留几所大学撑撑场面。在此情况下，金大宣布于10月4日开学上课，教职员工均到校授课、工作，学生返校者也较多，精神均很振作。但在20天后，形势急转直下，南京告急，全城人心惶惶。教育部突然通知金大，立即闭校停课。此时，金大才正式决定西迁。但那时交通困难，教育部已无法帮助解决迁校必需的交通工具。金大只好依靠师生员工，群策群力，四出借车辆船只，运送人员及物资。全校500多人分三批西迁，第一批人数最多，于1937年11月25日仓促启程，乘长沙号轮溯江而上，由裘家奎教授和孙明经老师带队，共行驶12天才到达重庆。12月，南京沦陷，航运愈加紧张，后两批师生一路上备受艰难险阻。各批师生到达重庆时，都由陈裕光校长和王绶、马杰等教授会同重庆校友会负责接应，并解决去成都的交通工具。那时，重庆与成都之间只有公路，而且只能雇到少数烧木炭发动的汽车，行驶车速很慢，一般行程要3天，而乘马车及人力滑竿的，便要10天以上，旅途食宿十分困难，由于全校上下齐心协力，和衷共济，终于在1938年2月初全部到达成都华西坝。历时3月有余。由于华大的慷慨支援，金大于3月2日在华西坝开学。当时全校教职员145人，学生总数为310余人。理学院电机工程系以及后来设立的汽车专修科、电化教育专修科在重庆市求精中学开办，称理学院重庆分部（1944年因该校为美军总部所在地，又迁至重庆春森路）。附中则设在四川万县。

在迁校工作中，图书馆库藏图书的搬迁十分艰巨，装了一百多箱，也仅占总藏书量的十分之一。由于路途遥远，沿途押运起卸，均由图书馆工作人员躬亲其事，一路艰辛不言而喻。这批图书在八年内迁时期对于教学科研工作的开展发挥了重要作用。

与金大同时迁华西坝的有：金女院、齐鲁大学，后来又有燕京大学的一部分加入，中央大学医学院和农学院兽医系也在抗战初期从重庆迁来华西坝。加上东道主华西大学，共有六所大学的师生济济一堂。经过几个月的长途跋涉、流离颠沛的生活之后，如今共处在风景秀丽的华大校园，在钟楼下，流水畔，学生们熙熙攘攘，显得十分融洽。被称之为“大后方的天堂”。

金大在华西坝开办时，除因陋就简地建筑了4幢学生宿舍和2幢教室外，借用了华大部分校舍，设置办公机构和实验室，暂时应付了开学的急需。但是，以华大一校之舍，供五六个大学使用，其困难程度当可想而知。金大学科多，人员多，一年后，又有增加，房屋就更为紧张。为此，金大专门成立了校舍委员会，筹划建房事宜。1939年，金大分别在成都的红瓦寺、桓侯巷、小天竺街等地借得地皮三处（有的原为坟地寺庙），建造教职员宿舍和学生宿舍。建成的房屋均为“草顶、灰壁、加上地板”的简易平房。学生宿舍每室设上下铺供8个学生住宿。这虽比不上在南京时的华堂美奂，但学生们感到在这“国难时期，借地为家，得此蜗居，亦洋洋大观矣”！

从新建宿舍到教室，相距有3－4里路，原为田间小道，每逢雨天，道路泥泞。尤其从红瓦寺住地到华西坝教室要走6里路，学生中午不回住地，由炊事人员送饭到华西坝，不管严冬酷暑，刮风下雨，从不间断。为了解决行路难的问题，决定在电台铁塔下修建大路，学校举行了开路典礼，典礼后，陈校长和三院院长都挥锄上阵，掘土动工。师生们在高唱“开路先锋”的歌声中挥汗劳动，筑成大路，命名“金陵路”。50多年过去了，现在成都市的地图上还印有“金陵路”路名。铁塔依然，而金陵大学的草房早不复见。取而代之的是华西医大附属医院的高楼耸立。

金大和其他大学在战火纷飞中，实现了整个学校自东向西的大迁移，并在艰苦的环境中继续奋进，这是广大师生爱国主义精神和对于捍卫民族独立的责任感和自信心的表现。这在当时西方人的眼里，是一件不可思议的壮举，并从而引起他们对中国人民正义事业的同情和支持。许多人士纷纷向中国救济董事会、远东学生服务基金会和教会大学全国紧急委员会捐款。